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[https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT] est un programme d'alignement de séquences multiples pour des systèmes d'exploitation comme Unix. Il offre plusieurs méthodes d'alignement dont (précis, pour l'alignement de <∼200 séquences), FFT-NS-2 (rapide, pour l'alignement de <∼30,000 séquences), etc.

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