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QIIME (pour <i>Quantitative Insights Into [https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89cologie_microbienne Microbial Ecology]</i>) est un pipeline bioinformatique open source pour l’analyse de [https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiome microbiomes]. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme [https://www.illumina.com/ Illumina], QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction phylogénétique et l’analyse de la diversité.

<b>Remarque </b>: QIIME 2 a remplacé QIIME 1 en janvier 2018; la version 1 n'est plus supportée.

<b>Remarque </b>: Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda sur nos grappes en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.</b>