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QIIME/fr: Difference between revisions
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QIIME (pour ''Quantitative Insights Into [https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89cologie_microbienne Microbial Ecology]'') est un pipeline bio-informatique open source pour l’analyse de [https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiome microbiomes]. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme [https://www.illumina.com/ Illumina], QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction phylogénétique et l’analyse de la diversité. | QIIME (pour ''Quantitative Insights Into [https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89cologie_microbienne Microbial Ecology]'') est un pipeline bio-informatique open source pour l’analyse de [https://fr.wikipedia.org/wiki/Microbiome microbiomes]. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme [https://www.illumina.com/ Illumina], QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction phylogénétique et l’analyse de la diversité. | ||
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<b>Note</b>: QIIME 2 has replaced QIIME 1 as of January 1, 2018; version 1 is no longer supported. | |||
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'''Note : Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.''' | '''Note : Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.''' | ||
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==Installation == | ==Installation == | ||
L’installation peut se faire en utilisant [[Apptainer/fr|Apptainer]] ou EasyBuild. Il est préférable d'utiliser Apptainer pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire <i>home</i>, ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | L’installation peut se faire en utilisant [[Apptainer/fr|Apptainer]] ou EasyBuild. Il est préférable d'utiliser Apptainer pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire <i>home</i>, ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | ||
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=== Utilisation avec Apptainer === | === Utilisation avec Apptainer === | ||
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Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | ||
Pour utiliser ces images avec nos ressources, il faut d'abord créer une image Apptainer comme suit : | Pour utiliser ces images avec nos ressources, il faut d'abord créer une image Apptainer comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
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</pre> | </pre> | ||
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Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | ||
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La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | ||
<pre> | <pre> | ||
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</pre> | </pre> | ||
Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Apptainer, comme suit : | Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Apptainer, comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
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=Références = | =Références = | ||
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[http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | ||
<!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> | <!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> | ||
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[[Category:Bioinformatics]] | [[Category:Bioinformatics]] | ||
[[Category:User Installed Software]] | [[Category:User Installed Software]] | ||