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QIIME/fr: Difference between revisions
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<b>Remarque </b>: Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda sur nos grappes en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.</b> | <b>Remarque </b>: Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda sur nos grappes en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.</b> | ||
== QIIME2 as a module == | |||
QIIME2 is now available in our environment using a module which wraps around a container. You can run | |||
{{Command|module spider qiime2}} | |||
to find which versions we have available. | |||
After loading the module, you can run | |||
{{Command|qiime --help}} | |||
{{Callout | |||
|title=Note | |||
|content=Since the <tt>qiime</tt> command is in fact calling a container, you may have to define the environment variable <tt>APPTAINER_BIND</tt> to bind specific folders within the container to access your data. For example: <tt>APPTAINER_BIND=/home qiime ...</tt> | |||
}} | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
==Installation == | ==Installation == | ||
L’installation peut se faire en utilisant [[Apptainer/fr|Apptainer]] ou [[EasyBuild/fr|EasyBuild]]. Il est préférable d'utiliser Apptainer pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire /home, ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | L’installation peut se faire en utilisant [[Apptainer/fr|Apptainer]] ou [[EasyBuild/fr|EasyBuild]]. Il est préférable d'utiliser Apptainer pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire /home, ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | ||
</div> | |||
=== Utilisation avec Apptainer === | === Utilisation avec Apptainer === | ||