Anaconda
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Description
Anaconda est une distribution Open Source de Python et R qui cherche à simplifier la gestions des modules et le déploiement.
Installation
Les distributions de Python installées sur les serveurs de Calcul Canada sont compilées à partir des sources disponibles sur python.org. Les usagers sont cependant libres d'installer Anaconda dans leur propre répertoire. Les instructions suivantes permettent de simplifier cette tâche et ainsi éviter des erreurs de compatibilité.
Répertoire personnel (une installation par usager)
Par défaut, l'installation est réalisée dans votre répertoire personnel, seul vous pouvez y accéder. Si vous souhaitez partager votre installation avec l'ensemble de votre groupe, utilisez plutôt les instructions de la section suivante.
Pour installer Anaconda avec Python 2, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb Anaconda2-4.4.0.eb
Pour Anaconda avec Python 3, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb Anaconda3-4.4.0.eb
Répertoire de projet (une installation par groupe)
Pour installer Anaconda avec Python 2, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb --prefix=$(readlink $PROJECT) Anaconda2-4.4.0.eb
Pour Anaconda avec Python 3, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb --prefix=$(readlink $PROJECT) Anaconda3-4.4.0.eb
L'installation d'Anaconda produit automatiquement un fichier module que vous pourrez charger à l'aide de la commande du même nom. Pour que la commande module trouve le fichier en question, vous devez lui indiquer où le trouver à l'aide de la commande suivante :
[name@server ~]$ module use $PROJECT/modules/*/Core
Si vous souhaitez que le module soit disponible chaque fois que vous vous connectez, vous pouvez ajouter la commande précédente à la fin de votre fichier .bashrc.
Autre version
Pour l'installation d'une version d'Anaconda différente, nous vous recommandons de contacter l'équipe de support par courriel à support@calculcanada.ca .
Utilisation
Charger le module Anaconda 2
[name@server ~]$ module load anaconda2
ou Anaconda 3
[name@server ~]$ module load anaconda3
conda
Vous pouvez installer des modules Python dans votre installation d'Anaconda en utilisant la commande conda directement. Par exemple, pour installer le module Theano
[name@server ~]$ conda install theano