Anaconda
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Description
Anaconda est une distribution Open Source de Python et R qui cherche à simplifier la gestions des modules et le déploiement.
Installation
Les distributions de Python installées sur les serveurs de Calcul Canada sont compilées à partir des sources disponibles sur python.org. Les usagers sont cependant libres d'installer Anaconda dans leur propre répertoire. Les instructions suivantes permettent de simplifier cette tâche et ainsi éviter des erreurs de compatibilité.
Afin de limiter le temps d'installation et le stockage requis, nous favorisons l'installation de Miniconda à celle d'Anaconda. Miniconda fournit le gestionnaire de paquets conda et Python. Vous êtes ensuite libre d'utiliser la commande conda pour installer les logiciels dont vous avez besoin.
Répertoire personnel (une installation par usager)
Par défaut, l'installation est réalisée dans votre répertoire personnel, seul vous pouvez y accéder. Si vous souhaitez partager votre installation avec l'ensemble de votre groupe, utilisez plutôt les instructions de la section suivante.
Pour installer Miniconda avec Python 2, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb Miniconda2-4.3.27.eb
Pour Miniconda avec Python 3, lancez la commande suivante:
[name@server ~]$ eb Miniconda3-4.3.27.eb
Répertoire de projet (une installation par groupe)
Pour installer Anaconda avec Python 2, utilisez la commandes suivante en remplaçant la chaîne <project> par l'identifiant du projet:
[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/projects/<project>) Miniconda2-4.3.27.eb
Pour Anaconda avec Python 3, lancez la commande suivante en remplaçant la chaîne <project> par l'identifiant du projet:
[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/project/<project>) Miniconda3-4.3.27.eb
L'installation de Miniconda produit automatiquement un fichier module que vous pourrez charger à l'aide de la commande du même nom. Pour que la commande module trouve le fichier en question, vous devez lui indiquer où le trouver à l'aide de la commande suivante :
[name@server ~]$ module use ~/projects/<project>/modules/*/Core
Si vous souhaitez que le module soit disponible chaque fois que vous vous connectez, vous pouvez ajouter la commande précédente à la fin de votre fichier .bashrc.
Autre version
Pour l'installation d'une autre version d'Anaconda, nous vous recommandons de contacter l'équipe de support par courriel à support@calculcanada.ca .
Utilisation
Charger le module Miniconda 2
[name@server ~]$ module load miniconda2
ou Miniconda 3
[name@server ~]$ module load miniconda3
conda
Vous pouvez installer des modules Python dans votre installation de Miniconda en utilisant la commande conda directement. Par exemple, pour installer le module theano
[name@server ~]$ conda install theano