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| Name | Current message text |
|---|---|
| h English (en) | * [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis] is an object-oriented Python library to analyze trajectories from molecular dynamics (MD) simulations in many popular formats. * [http://mdtraj.org/ MDTraj] can also read, write and analyze MD trajectories with only a few lines of Python code with wide MD format support. * [https://biopython.org/ Biopython] is a set of freely available tools for biological computation. * [https://foyer.mosdef.org/ foyer] is a package for atom-typing as well as applying and disseminating force fields. * [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild] is a hierarchical, component based molecule builder. * [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis] is a persistence engine for molecular dynamics data. * [http://nglviewer.org/ nglview]: NGL Viewer is a collection of tools for web-based molecular graphics. * [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd] is a general tool for aiding in investigations of biomolecular systems using popular molecular simulation packages. * [[PyRETIS]] is a Python library for rare event molecular simulations with emphasis on methods based on transition interface sampling and replica exchange transition interface sampling. |
| h French (fr) | * [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires dans plusieurs formats. * [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats. * [https://biopython.org/ Biopython], ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques. * [https://foyer.mosdef.org/ foyer], paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. * [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], langage hiérarchique pour construire des molécules basées sur des composantes. * [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], ensemble d’outils de manipulation et d'analyse des données de dynamique moléculaire. * [http://nglviewer.org/ nglview], collection d'outils en ligne pour la visualisation en moléculaire. * [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], outil général pour l'analyse des systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires. * [[PyRETIS]], bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonnage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. |