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QIIME/fr: Difference between revisions
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=== Utilisation avec Singularity === | === Utilisation avec Singularity === | ||
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Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://hub.docker.com/u/qiime2 DockerHub]. | Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://hub.docker.com/u/qiime2 DockerHub]. | ||
Pour utiliser ces images avec les ressources de Calcul Canada, il faut d'abord [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créer une image Singularity]] comme suit : | Pour utiliser ces images avec les ressources de Calcul Canada, il faut d'abord [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créer une image Singularity]] comme suit : | ||
</div> | </div> | ||
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}} | }} | ||
Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2019.10.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2019.10.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | |||
</div> | |||
Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Singularity/fr|page Singularity]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>singularity exec</code> comme suit : | Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Singularity/fr|page Singularity]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>singularity exec</code> comme suit : | ||
{{Commands | {{Commands | ||
|singularity exec qiime2- | |singularity exec qiime2-2021.11.sif <your QIIME command> | ||
}} | }} | ||
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singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | ||
-B /projects/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2- | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime tools import --type 'FeatureData[Sequence]' \ | qiime tools import --type 'FeatureData[Sequence]' \ | ||
--input-path /inputs/some_fastafile.fa \ | --input-path /inputs/some_fastafile.fa \ | ||
| Line 54: | Line 45: | ||
singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | ||
-B /projects/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2- | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime tools import \ | qiime tools import \ | ||
--type 'FeatureData[Taxonomy]' \ | --type 'FeatureData[Taxonomy]' \ | ||
| Line 62: | Line 53: | ||
singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | singularity exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | ||
-B /projects/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2- | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ | qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ | ||
--i-reference-reads /outputs/some_output_feature.qza \ | --i-reference-reads /outputs/some_output_feature.qza \ | ||
| Line 79: | Line 70: | ||
{{Commands | {{Commands | ||
|export TZ{{=}}'UTC' | |export TZ{{=}}'UTC' | ||
|singularity exec qiime2- | |singularity exec qiime2-2021.11.sif qiime tools import ... | ||
}} | }} | ||
=Références = | =Références = | ||