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QIIME/fr: Difference between revisions
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== QIIME2 as a module == | == QIIME2 as a module == | ||
QIIME2 is now available in our environment using a module which wraps around a container. | QIIME2 is now available in our environment using a module which wraps around a container. To know which versions are available, run | ||
{{Command|module spider qiime2}} | {{Command|module spider qiime2}} | ||
After loading the module, you can run | After loading the module, you can run | ||
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Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2021.11.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2021.11.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Apptainer/fr|page Apptainer]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>apptainer exec</code> comme suit : | Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Apptainer/fr|page Apptainer]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>apptainer exec</code> comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | ||
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La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | ||