Anaconda

Description

Anaconda is an open source distribution of Python and R which tries to simplify the management and deployment of modules.

Installation

The Python distributions installed on Compute Canada servers are compiled from the source available at the python.org site. Users are however free to install Anaconda in their own directory. The following instructions should simplify this job and thus avoid compatibility errors.

In order to limit the installation time and the amount of storage needed, we encourage the installation of Miniconda instead of Anaconda. Miniconda includes the conda package manager and Python. You can then use the conda command to install the software you need.

Répertoire personnel (une installation par usager)

Par défaut, l'installation est réalisée dans votre répertoire personnel, seul vous pouvez y accéder. Si vous souhaitez partager votre installation avec l'ensemble de votre groupe, utilisez plutôt les instructions de la section suivante.

Pour installer Miniconda avec Python 2, lancez la commande suivante:

[name@server ~]$ eb Miniconda2-4.3.27.eb

Pour Miniconda avec Python 3, lancez la commande suivante:

[name@server ~]$ eb Miniconda3-4.3.27.eb

Soyez patient, l'installation de Miniconda peut prendre plusieurs minutes.

Répertoire de projet (une installation par groupe)

Pour installer Anaconda avec Python 2, utilisez la commandes suivante en remplaçant la chaîne <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/projects/<project>) Miniconda2-4.3.27.eb

Pour Anaconda avec Python 3, lancez la commande suivante en remplaçant la chaîne <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/projects/<project>) Miniconda3-4.3.27.eb

Soyez patient, l'installation de Miniconda peut prendre plusieurs minutes.

L'installation de Miniconda produit automatiquement un fichier module que vous pourrez charger à l'aide de la commande du même nom. Pour que la commande module trouve le fichier en question, vous devez lui indiquer où le trouver à l'aide de la commande suivante en remplaçant la chaîne <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ module use ~/projects/<project>/modules/*/Core

Si vous souhaitez que le module soit disponible chaque fois que vous vous connectez, vous pouvez ajouter la commande précédente à la fin de votre fichier .bashrc.

Autre version

Pour l'installation d'une autre version d'Anaconda, nous vous recommandons de contacter l'équipe de support par courriel à support@calculcanada.ca .

Utilisation

Charger le module Miniconda 2

[name@server ~]$ module load miniconda2

ou Miniconda 3

[name@server ~]$ module load miniconda3

conda

Vous pouvez installer des modules Python dans votre installation de Miniconda en utilisant la commande conda directement. Par exemple, pour installer le module theano

[name@server ~]$ conda install theano