Anaconda

Attention: Alors que Conda fonctionne bien dans l'environnement d'un ordinateur personnel, il a tendance à créer plus de problèmes qu'il en résout dans le contexte d'une grappe. Pour cette raison, on encourage les usagers de se tourner vers des outils comme un environnement virtuel ou des paquets binaires (Python wheels), qui sont documentés sur la page Python.

Description

Anaconda est une distribution open source de Python et R qui vise à simplifier la gestion et le déploiement de modules.

Installation

Les distributions de Python installées sur les serveurs de Calcul Canada sont compilées à partir des sources disponibles sur python.org. Les utilisateurs sont cependant libres d'installer Anaconda dans leur propre répertoire. Les instructions suivantes permettent de simplifier cette tâche et ainsi éviter des erreurs de compatibilité.

Afin de limiter le temps d'installation et l'espace de stockage requis, nous favorisons l'installation de Miniconda à celle d'Anaconda. Miniconda fournit Python et le gestionnaire de paquets conda. Vous êtes ensuite libre d'utiliser la commande conda pour installer les logiciels dont vous avez besoin.

Répertoire personnel (pour un utilisateur)

Par défaut, l'installation se fait dans votre répertoire personnel auquel vous seul avez accès. Si vous souhaitez partager votre installation avec l'ensemble de votre groupe, utilisez plutôt les instructions de la section suivante.

Pour installer Miniconda avec Python 2, lancez la commande

[name@server ~]$ eb Miniconda2-4.3.27.eb

Pour installer Miniconda avec Python 3, lancez la commande

[name@server ~]$ eb Miniconda3-4.3.27.eb

Soyez patient; l'installation de Miniconda peut prendre plusieurs minutes.

Répertoire de projet (pour un groupe)

Pour installer Anaconda avec Python 2, lancez la commande suivante en remplaçant <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/projects/<project>) Miniconda2-4.3.27.eb

Pour Anaconda avec Python 3, lancez la commande suivante en remplaçant <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ eb --sticky-bit --set-gid-bit --prefix=$(readlink ~/projects/<project>) Miniconda3-4.3.27.eb

Soyez patient; l'installation de Miniconda peut prendre plusieurs minutes.

L'installation de Miniconda produit automatiquement un fichier module que vous pourrez charger à l'aide de la commande du même nom. Pour que la commande module trouve le fichier en question, vous devez lui indiquer où le trouver à l'aide de la commande suivante, en remplaçant <project> par l'identifiant du projet:

[name@server ~]$ module use ~/projects/<project>/modules/*/Core

Si vous souhaitez que le module soit disponible chaque fois que vous vous connectez, vous pouvez ajouter la commande précédente à la fin de votre fichier .bashrc.

Autres versions

Pour l'installation d'une autre version d'Anaconda, nous vous recommandons de contacter le soutien technique.

Utilisation

Chargez le module Miniconda 2 avec la commande

[name@server ~]$ module load miniconda2

ou le module Miniconda 3 avec la commande

[name@server ~]$ module load miniconda3

conda

Vous pouvez installer des modules Python dans votre installation de Miniconda en utilisant la commande conda directement. Par exemple, pour installer le module theano, la commande se lirait

[name@server ~]$ conda install theano