ADF

Introduction

Attention : La suite ADF a été renommée AMS depuis la version de 2020. Cette nouvelle version comporte des changements importants, notamment dans les formats d'entrée et de sortie. Pour plus d'information, voir AMS.

La suite logicielle SCM (Software for Chemistry and Materials), à l'origine la suite ADF pour Amsterdam Density Functional, offre des applications très performantes pour la recherche en chimie computationnelle, notamment dans les domaines de la catalyse (homogène et hétérogène), la chimie inorganique, la chimie des éléments lourds, la biochimie et différents types de spectroscopie.

Les produits suivants sont disponibles :

• ADF
• ADF-GUI
• BAND
• BAND-GUI
• DFTB
• ReaxFF
• COSMO-RS
• QE-GUI
• NBO6

Utiliser SCM sur Graham

Le module adf est seulement installé sur Graham en raison de restrictions liées à l'octroi des licences. Pour connaître les versions disponibles, lancez la commande

[name@server $] module spider adf

Pour les commandes en rapport avec les modules, voyez Utiliser des modules.

Soumettre une tâche

Les tâches soumises sur Graham sont ordonnancées par Slurm; pour les détails, consultez Exécuter des tâches.

Tâche unique

Le script suivant utilise un nœud entier; l'avant-dernière ligne charge la version 2019.305 et la dernière ligne appelle ADF directement.

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, you can modify it
#SBATCH --mem=0                         # request all memory on node
#SBATCH --time=00-03:00                 # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=adf_test-%j.log        # output file

module unload openmpi
module load adf/2019.305
ADF adf_test.inp

Le fichier en entrée ci-dessous est utilisé dans le script.

File : adf_test.inp

Title WATER Geometry Optimization with Delocalized Coordinates

 Atoms
    O             0.000000     0.000000     0.000000
    H             0.000000    -0.689440    -0.578509
    H             0.000000     0.689440    -0.578509
 End

 Basis
 Type TZP
 Core Small
 End

 Geometry
  Optim Deloc
  Converge 0.0000001
 End

 End Input

Tâches multiples avec ADF ou BAND

Plusieurs calculs peuvent être groupés dans une même tâche avec un script semblable à celui-ci :

File : GO_H2O.run

#!/bin/bash
if test -z "$SCM_TESTOUTPUT" ; then SCM_TESTOUTPUT=GO_H2O.out; fi

$ADFBIN/adf << eor > $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization with Delocalized Coordinates

Atoms
   O             0.000000     0.000000     0.000000
   H             0.000000    -0.689440    -0.578509
   H             0.000000     0.689440    -0.578509
End

Basis
Type TZP
Core Small
End

Geometry
 Optim Deloc
 Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization in Cartesians with new optimizer

Atoms
    O             0.000000     0.000000     0.000000
    H             0.000000    -0.689440    -0.578509
    H             0.000000     0.689440    -0.578509
End

Basis
 Type TZP
 Core Small
End

Geometry
  Optim Cartesian
  Branch New
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization with Internal Coordinates

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH  theta
End

Basis
 Type TZP
 Core Small
End

GeoVar
 rOH=0.9
 theta=100
End
Geometry
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER   optimization with (partial) specification of Hessian

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH  theta
End

GeoVar
 rOH=0.9
 theta=100
End
HessDiag  rad=1.0  ang=0.1

Fragments
 H   t21.H
 O   t21.O
End

Geometry
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization in Cartesians

Geometry
  Optim Cartesian
  Converge 0.0000001
End

Define
 rOH=0.9
 theta=100
End

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH theta
End

Fragments
 H   t21.H
 O   t21.O
End

End Input
eor

mv TAPE21 H2O.t21

Le script suivant est identique à celui utilisé pour une tâche unique (mysub.sh), à l’exception de la dernière ligne qui appelle le script GO_H2O.run plutôt que d’appeler ADF directement.

File : GO_H2O.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, you can modify it
#SBATCH --mem=0                         # request all memory on node
#SBATCH --time=00-03:00                 # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=GO_H2O_%j.log          # output file

module unload openmpi
module load adf/2019.305
bash GO_H2O.run                         # run the shell script

Exemples

Pour des exemples d’entrée/sortie pour ADF, voyez sur Graham

/home/jemmyhu/tests/test_ADF/2019.305/test_adf/

Pour des exemples de fichiers .inp et .sh avec BAND, voyez sur Graham

/home/jemmyhu/tests/test_ADF/2019.305/test_band

Utiliser SCM-GUI

Avec des applications comme ADF-GUI, la redirection X11 via une connexion SSH exige beaucoup de temps pour produire les rendus. Nous recommandons de vous connecter avec VNC.

Graham

Sur un nœud de calcul de Graham, ADF peut être utilisé interactivement en mode graphique avec TigerVNC pour une durée maximale de 3 heures.

1. Installez un client TigerVNC sur votre ordinateur.
2. Connectez-vous à un nœud de calcul avec vncviewer.
3. module load adf
4. adfinput

Gra-vdi

Sur gra-vdi, ADF peut être utilisé interactivement en mode graphique, sans limite de durée.

1. Installez un client TigerVNC sur votre ordinateur.
2. Connectez-vous à gra-vdi.computecanada.ca avec vncviewer.
3. module load clumod
4. module load adf
5. adfinput

Voyez ce tutoriel sur comment utiliser ADF-GUI avec TigerVNC sur gra-vdi (en anglais).

Utiliser ADF-GUI localement

SCM offre une licence distincte pour utiliser ADF-GUI sur un ordinateur de bureau local; pour acquérir votre propre licence, contactez license@scm.com.