Bio-informatique

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Ressource externe de soutien

Affilié à l'Université McGill, le Centre canadien de génomique computationnelle (C3G) collabore avec l'Alliance pour offrir des services de bio-informatique sur mesure et soutient la communauté de recherche en tant que membre de l'équipe nationale de bio-informatique de l'Alliance. Le C3G maintient deux référentiels CVFMS :

• soft.mugqic qui contient de nombreux outils de bio-informatiques open source installés sous forme de modules,
• ref.mugqic qui contient des génomes de référence et leurs indices et annotations pour de nombreux organismes modèles courants.

Pour toute demande ou question concernant les référentiels mugqic, contactez le C3G à [1] ou via leur site Web computationalgenomics.ca.

Logiciels disponibles

Voyez la liste des modules disponibles sur nos grappes. Cliquez sur l'entête de la colonne Type; le type bio identifie les applications en bio-informatique.

Plusieurs de ces logiciels sont disponibles sous forme de paquets Python. Les paquets adaptés à nos systèmes se trouvent sur notre page Wheels Python. Vous trouverez d'autres paquets sur l'internet. Pour plus d'information, voir notre page Python.

Données

Vous trouverez les bases de données disponibles sur nos grappes aux endroits suivants :

• /cvmfs/ref.mugqic (voir C3G dans Ressources externes de soutien ci-dessus)
• /cvmfs/bio.data.computecanada.ca
• /cvmfs/datahub.genap.ca
• /cvmfs/ref.galaxy
• /cvmfs/public.data.computecanada.ca
• /datashare (données de référence sur Graham)

Ces bases de données ne sont pas disponibles sur toutes nos grappes et le service de soutien technique peut varier.