DL POLY
Généralités
DL_POLY est un logiciel classique de simulation en mécanique moléculaire. Sa conception permet de l’utiliser avec un ordinateur à processeur unique ou avec un ordinateur parallèle haute performance. DL_POLY_4 permet des opérations I/O entièrement parallèles et une alternative NetCDF (avec dépendance à une bibliothèque HDF5) aux fichiers de trajectoire ASCII par défaut.
Pour plus d'information sur l'historique de DL-POLY, sa conception et son utilisation, consultez le site web du projet.
Licence
DL_POLY est maintenant open source et il n'est pas nécessaire de vous enregistrer. Le nouveau module dl_poly4/5.1.0 est installé sous StdEnv/2023 et disponible à tous. Cependant, si vous voulez utiliser une version antérieure (dl_poly4/4.10.0 et/ou dl_poly4/4.08), écrivez au soutien technique et demandez de vous ajouter à un groupe POSIX qui contrôle l'accès à DL_POLY4. Il n'est pas nécessaire de vous enregistrer sur le site web de DL_POLY.
Modules
Pour connaître les versions disponibles, lancez module spider dl_poly4. La commande module est décrite dans la page Utiliser des modules.
Chargez la version 5.x avec
module load StdEnv/2023 intel/2023.2.1 openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0
Pour charger la version précédente 4.10.0, utilisez
module load StdEnv/2023 intel/2020.1.217 openmpi/4.0.3 dl_poly4/4.10.0
Prenez note que cette version doit être ajoutée à un groupe POSIX, comme décrit ci-dessus dans Licence.
L’interface graphique Java n’est pas offerte.
Références principales
Scripts et exemples
Les fichiers d’entrée CONTROL et FIELD proviennent de l’exemple TEST01 téléchargée à partir de DL_POLY examples.
Pour lancer une simulation, il faut au moins les trois fichiers suivants :
- CONFIG: boîte de simulation (coordonnées atomiques)
- FIELD: paramètres de champs de force
- CONTROL: paramètres de simulation (pas, nombre d’étapes, ensemble de simulation, etc.)
SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS)
restart scale
temperature 500.0
equilibration steps 20
steps 20
timestep 0.001
cutoff 12.0
rvdw 12.0
ewald precision 1d-6
ensemble nvt berendsen 0.01
print every 2
stats every 2
collect
job time 100
close time 10
finish
SODIUM CHLORIDE WITH EWALD SUM (27000 IONS)
units internal
molecular types 1
SODIUM CHLORIDE
nummols 27
atoms 1000
Na+ 22.9898 1.0 500
Cl- 35.453 -1.0 500
finish
vdw 3
Na+ Na+ bhm 2544.35 3.1545 2.3400 1.0117e+4 4.8177e+3
Na+ Cl- bhm 2035.48 3.1545 2.7550 6.7448e+4 8.3708e+4
Cl- Cl- bhm 1526.61 3.1545 3.1700 6.9857e+5 1.4032e+6
close
#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30 # time (DD-HH:MM).
# Load the module:
module load StdEnv/2023
module load intel/2023.2.1 openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0
echo "Starting run at: `date`"
dlp_exec=DLPOLY.Z
${dlp_exec}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"
#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30 # time (DD-HH:MM).
# Load the module:
module load StdEnv/2023
module load intel/2023.2.1 openmpi/4.1.5 dl_poly4/5.1.0
echo "Starting run at: `date`"
dlp_exec=DLPOLY.Z
srun ${dlp_exec}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"