fMRIPrep

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fMRIPrep est une application NiPreps pour le prétraitement d'images au format BIDS obtenues par résonance magnétique. Pour utiliser fMRIPrep sur nos grappes, il faut d'abord charger le module.

module load apptainer fmriprep

À propos d'Apptainer

En ligne de commande, fMRIPrep utilise Apptainer en arrière-plan pour appeler un conteneur dans lequel fMRIPrep est configuré. Les options en ligne de commande sont passées à la commande fMRIPrep dans ce conteneur, mais vous voudrez aussi modifier le contexte pour Apptainer. Pour ce faire, utilisez les variables d'environnement d'Apptainer comme dans l'exemple quelques paragraphes plus loin.

Configuration et téléchargement de TemplateFlow

Dans le conteneur, fMRIPrep voudra télécharger les gabarits TemplateFlow, mais sera incapable. Il aurait fallu télécharger ces données à l'avance avec

module load python git-annex
pip3 install datalad
datalad install -r ///templateflow

Chargez Python et git-annex, installez DataLad (préférablement dans un environnement virtuel), et installez l'ensemble de métadonnées de TemplateFlow. Le téléchargement se fait dans un répertoire partagé du projet par défaut auquel vous êtes associé. Ce répertoire sera semblable à /lustre03/project/GROUPNAME/shared/templateflow. Positionnez-vous dans ce répertoire pour télécharger vos sous-ensembles de gabarit.

cd /lustre03/project/GROUPNAME/shared/templateflow
datalad get -r tpl-MNI152NLin2009cAsym tpl-OASIS30ANTs 

Faites de même pour tous les gabarits que vous voulez rendre disponibles. 'REMARQUE : le téléchargement des gabarits peut prendre beaucoup de temps, mais ces étapes de DataLad ne sont faites qu'une fois et les gabarits seront disponibles pour tous les membres de votre groupe tant qu'ils ne sont pas supprimés. Pour plus d'information, consultez TemplatFlow archive.

Définition des variables d'environnement Apptainer

Nous pouvons maintenant configurer nos variables d'environnement Apptainer et fMRIPrep.

export APPTAINERENV_TEMPLATEFLOW_HOME=/lustre03/project/GROUPNAME/shared/templateflow
export APPTAINER_BIND=/path/to/input,/path/to/output,/path/to/output/logs,$APPTAINERENV_TEMPLATEFLOW_HOME

Avec APPTAINERENV_TEMPLATEFLOW_HOME, nous disons à fMRIPrep où trouver les gabarits TemplateFlow. Avec APPTAINER_BIND, nous disons à Apptainer où trouver les données en entrée, celles en sortie ainsi que les journaux pour que les répertoires appropriés soient montés et rendus disponibles à fMRIprep dans le conteneur. ATTENTION : fMRIPrep gère mal les longs noms de chemins; utilisez donc des noms courts pour vos fichiers et répertoires.

Lançons enfin l'application

Nous pouvons maintenant lancer fMRIPrep.

fmriprep /path/to/input /path/to/output participant --work-dir /path/to/output

Et tout sera parfait. Sauf que ...

C'est un peu plus compliqué avec FreeSurfer

Si vous voulez utiliser FreeSurfer avec fMRIPrep, il faudra vous enregistrer avec FreeSurfer, télécharger le fichier de licence, copier ce fichier dans un des répertoires dans APPTAINER_BIND et utiliser l'option --fs-license-file. Nous n'irons pas dans les détails parce que nous avons confiance en vous!

Remerciements

Nous tenons à souligner l'immense contribution de Pierre Rioux au contenu de la présente page.