Parasail

parasail est une bibliothèque SIMD C (C99) qui contient des implémentations d'algorithmes d'alignement de séquences par paires Smith-Waterman (alignement local), Needleman-Wunsch (alignement global) et autres alignements semi-globaux.

Depuis StdEnv/2023, l'extension parasail-python fait partie du module parasail. Avec StdEnv/2020, le module doit cependant être chargé pour que l'extension Python soit installée dans un environnement virtuel.

Utilisation

Pour connaître la version disponible, utilisez

[name@server ~]$ module spider parasail

Chargez la bibliothèque avec

[name@server ~]$ module load parasail/2.6.2

Avec le binaire parasail_aligner

Il est important de définir le nombre de fils selon le nombre de cœurs alloués à votre tâche, par exemple

parasail_aligner -t ${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1} ...}}

Extension Python

Le module contient des liaisons pour plusieurs versions de Python. Pour connaître les versions compatibles de Python, lancez

[name@server ~]$ module spider parasail/1.3.4

Utiliser l'extension

1. Chargez les modules requis.

[name@server ~]$ module load parasail/2.6.2 python/3.11 scipy-stack/2023b

2. Importez parasail 1.3.4.

[name@server ~]$ python -c "import parasail"

L'importation est réussie quand la commande ne retourne rien.

Exemple

Comparez les résultats d'un alignement local avec BioPython et parasail.

1. Préparez le script Python.

File : parasail-sw.py

import parasail
from Bio.Align import PairwiseAligner

A = "ACGT" * 1000

# parasail
matrix = parasail.matrix_create("ACGT", 1, 0)
parasail_score = parasail.sw(A, A, 1, 1, matrix).score

# biopython
bio_score = PairwiseAligner().align(A, A)[0].score

print('parasail:', parasail_score)
print('biopython:', bio_score)

2. Préparez le script de soumission selon votre environnement.

StdEnv par défautStdEnv/2020

File : submit-parasail.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # replace with your PI account
#SBATCH --cpus-per-task=1 
#SBATCH --mem-per-cpu=3G      # increase as needed
#SBATCH --time=1:00:00

module load parasail/2.6.2 python/3.11 scipy-stack/2023b

# Install any other requirements, such as Biopython
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/env
source $SLURM_TMPDIR/env/bin/activate
pip install --no-index --upgrade pip
pip install --no-index biopython==1.83

python parasail-sw.py

2.1. Identify available wheels first :

[name@server ~]$ avail_wheel parasail
name      version    python    arch
--------  ---------  --------  -------
parasail  1.2.4      py2,py3   generic

Installez maintenant la version choisie dans votre environnement virtuel.

File : submit-parasail.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser  # replace with your PI account
#SBATCH --cpus-per-task=1 
#SBATCH --mem-per-cpu=3G      # increase as needed
#SBATCH --time=1:00:00

module load StdEnv/2020 gcc parasail/2.5 python/3.10

# Install any other requirements, such as Biopython
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/env
source $SLURM_TMPDIR/env/bin/activate
pip install --no-index --upgrade pip
pip install --no-index parasail==1.2.4 biopython==1.83

python parasail-sw.py

3. Soumettez la tâche avec

[name@server ~]$ sbatch submit-parasail.sh

4. Une fois la tâche terminée, vérifiez le résultat dans le fichier de sortie de l'ordonnanceur Slurm.

[name@server ~]$ less slurm-*.out
parasail: 4000
biopython: 4000.0

Paquets Python disponibles

Les exigences des paquets Python qui dépendent de parasail seront satisfaites en chargeant le module parasail.

[name@server ~]$ pip list | grep parasail
parasail                           1.3.4