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4 November 2024
31 October 2024
30 October 2024
22 March 2024
20 March 2024
14 June 2021
no edit summary
−1
Created page with "{| class="wikitable" |- ! !! GenAP !! Cedar |- | Serveur || Arbutus || Cedar |- | Configuration de Galaxy|| aucune|| groupe de recherche |- | Expérience avec Linux || aucune..."
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Created page with "Pour vous aider à décider où analyser vos données, voyez cette comparaison entre GenAP et Cedar."
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Created page with "==Où analyser les données=="
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Created page with "===Documentation=== La [https://www.genap.ca/p/help/galaxy-in-genap documentation de GenAP] présente plus de 50 tutoriels et une introduction à Galaxy sur GenAP."
−73
Created page with "Toutefois, pour des tâches intensives comme l’assemblage, ces paramètres peuvent être modifiés dans le menu ''Job Resources Parameters'' si les valeurs par défaut ne so..."
−35
Created page with "Les tâches sont soumises à nos grappes via Slurm (aucune configuration requise) avec les paramètres par défaut, soit mémoire vive de 10Go, durée de 24 heures et deux CPU."
+29
Created page with "Il n’est pas nécessaire de configurer GenAP-Galaxy puisque tous les outils, les fichiers d’index et les génomes de référence sont préinstallés."
+33
Created page with "L’ajout de nouveaux outils se fait au cas par cas, après analyse."
+10
Created page with "Pour des raisons de sécurité, l’installation des outils se fait par notre équipe technique."
−2
Created page with "Les outils de GenAP-Galaxy sont le plus près possible de ceux de la plateforme Galaxy principale (usegalaxy.org)."
+9
Created page with "La communauté de la recherche Galaxy participe activement à la synchronisation des génomes de référence et des fichiers d’index de GenAP avec le site principal usegalax..."
+30
Created page with "L’équipe GenAP a aussi développé des outils pour cellules uniques qui sont intégrés avec les outils de visualisation GenAP."
+22
Created page with "===Outils=== Il n’est pas nécessaire de configurer ou installer GenAP-Galaxy qui fournit des génomes de référence et plus de 700 outils préinstallés."
+5
Created page with "GenAP offre la possibilité d’utiliser votre propre instance Galaxy avec plus de 700 outils préinstallés. GenAP-Galaxy est parfaitement intégrée avec l’infrastructure..."
+19
Updating to match new version of source page
+16
7 June 2021
no edit summary
−1
Created page with "Les personnes qui détiennent un compte avec Calcul Canada peuvent [https://www.genap.ca/p/help/introduction demander un compte GenAP] sans frais. Les autres chercheuses ou c..."
+123
Created page with "La plateforme [https://www.genap.ca/ GenAP (Genetics and Genomics Analysis Platform)] est une infrastructure de calcul et un environnement logiciel pour la recherche en scienc..."
−27
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+7
4 June 2021
Created page with "=== Utiliser les outils ==="
+5
Created page with "== Galaxy sur GenAP =="
+1
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+332
no edit summary
−40
Updating to match new version of source page
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Created page with "Comme la passerelle a peu de mémoire et ne traite pas les tâches de manière efficace, nous vous demandons de ne pas utiliser les outils Galaxy localement. Soumettez plutôt..."
−458
Created page with "La plateforme Galaxy est configurée pour soumettre des tâches à la grappe Cedar selon les variables définies dans le fichier <tt>job_conf.xml</tt>. Vous devrez peut-être..."
+259
Created page with "=== Utiliser les outils ==="
+6
Created page with " * <code>file_path, new_file_path, tool_config_file, shed_tool_config_file, tool_dependency_dir, tool_data_path, visualization_plugins_directory, job_working_directory, cluste..."
+260
no edit summary
−331
Created page with " * <code>http:</code>, votre numéro de port unique; * <code>database_connection</code>, noms de votre base de données et de votre serveur de base de données; * <code>virtua..."
−49
no edit summary
+303
Created page with "La configuration du serveur se fait avec les fichiers du répertoire <tt>config</tt>. Nous n’expliquons pas ici en détail comment configurer et optimiser Galaxy. Nous vous..."
−204
no edit summary
+17
Created page with "=== Configuration du serveur Galaxy ==="
+11
Created page with " La première chose à faire est de démarrer le serveur Galaxy. Ce serveur ne doit pas être utilisé sur un nœud de calcul, ni un nœud de connexion de Cedar, mais plutôt..."
−113
no edit summary
−6
Created page with "Les fichiers d’une instance Galaxy appartiennent à un ''pseudo-compte'', qui est un compte partagé créé à l’installation par un administrateur. Un tel compte n’est..."
−49
Created page with "=== Propriété et modification des fichiers ==="
+1
Created page with "* '''config''' : contient tous les fichiers de configuration pour préparer et optimiser le serveur Galaxy. Dans cette page, nous présenterons seulement les principes de base..."
+38
Created page with "L’installation se fait habituellement dans le répertoire /project du groupe de recherche. Le nom du répertoire source est formé par les deux premiers caractères du nom d..."
+62
Created page with "=== Structure du répertoire ==="
−2
Created page with "Chaque groupe de recherche peut obtenir une instance Galaxy sur la grappe Cedar. Puisque l’installation demande une configuration particulière, Technical support/fr | con..."
−27