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QIIME/fr: Difference between revisions
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| Line 11: | Line 11: | ||
=== Utilisation avec Apptainer === | === Utilisation avec Apptainer === | ||
Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | ||
Pour utiliser ces images avec nos ressources, il faut d'abord créer une image Apptainer comme suit : | Pour utiliser ces images avec nos ressources, il faut d'abord créer une image Apptainer comme suit : | ||
{{Commands | {{Commands | ||
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</pre> | </pre> | ||
Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Apptainer/fr#Bind_mount|bind]] (<code>-B</code>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=bpmrfVqBowY webinaire Apptainer]. | ||
La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | ||
<pre> | <pre> | ||
Timezone offset does not match system offset: 0 != -18000. Please, check your config files. | Timezone offset does not match system offset: 0 != -18000. Please, check your config files. | ||
</pre> | </pre> | ||
Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Apptainer, comme suit : | Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Apptainer, comme suit : | ||
{{Commands | {{Commands | ||
| Line 78: | Line 72: | ||
=Références = | =Références = | ||
[http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | ||
<!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> | <!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> | ||
[[Category:Bioinformatics]] | [[Category:Bioinformatics]] | ||
[[Category:User Installed Software]] | [[Category:User Installed Software]] | ||