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Gurobi/fr: Difference between revisions

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Gurobi/fr (view source)

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== Environnements virtuels Python ==
== Environnements virtuels Python ==


<div class="mw-translate-fuzzy">
Gurobi a sa propre version de Python qui ne contient aucun autre paquet de tiers autre que Gurobi. Pour utiliser Gurobi avec d'autres paquets Python comme NumPy, Matplotlib, Pandas et autres, il faut [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel|créer un environnement virtuel Python]] dans lequel seront installés <code>gurobipy</code> et par exemple <code>pandas</code>.
Gurobi a sa propre version de Python qui ne contient aucun autre paquet de tiers autre que Gurobi. Pour utiliser Gurobi avec d'autres paquets Python comme NumPy, Matplotlib, Pandas et autres, il faut [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel|créer un environnement virtuel Python]] dans lequel seront installés <code>gurobipy</code> et par exemple <code>pandas</code>.
 
</div>
Nous devons d'abord déterminer la combinaison des versions de Gurobi et Python à utiliser.


{{Commands|prompt=[name@server ~] $
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
|module load StdEnv/2016  (not needed for gurobi>9.0.2)
|module load gurobi/8.1.1  
|module load gurobi/8.1.1  
|cd $EBROOTGUROBI/lib  
|cd $EBROOTGUROBI/lib  
|ls -dF python*
|ls -d python*
   python2.7/       python2.7_utf32/  python3.6_utf32/
   python2.7        python2.7_utf32   python2.7_utf16
   python2.7_utf16/ python3.5_utf32/  python3.7_utf32/
   python3.5_utf32 python3.6_utf32    python3.7_utf32
     
}}
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
|module load StdEnv/2016  (not needed for gurobi>9.0.2)
|module load gurobi/9.0.1
|module load gurobi/9.0.1
|cd $EBROOTGUROBI/lib  
|cd $EBROOTGUROBI/lib  
|ls -dF python*
|ls -d python*
   python2.7_utf16/ python3.5_utf32/ python3.7/        python3.8_utf32/
   python3.7        python2.7_utf16  python2.7_utf32
  python2.7_utf32/ python3.6_utf32/ python3.7_utf32/
  python3.5_utf32  python3.8_utf32  python3.6_utf32  python3.7_utf32
     
|cd
}}
}}


<div class="mw-translate-fuzzy">
Nous remarquons que <code>gurobi/8.1.1</code> apporte sa propre installation de <code>python2.7/</code> et des paquets pour Python 2.7, 3.5, 3.6 et 3.7 (<code>pythonX.Y_utf32/</code>),
Nous remarquons que <code>gurobi/8.1.1</code> apporte sa propre installation de <code>python2.7/</code> et des paquets pour Python 2.7, 3.5, 3.6 et 3.7 (<code>pythonX.Y_utf32/</code>),
alors que <code>gurobi/9.0.1</code> utilise par défaut <code>python3.7/</code> et les paquets pour Python 2.7, 3.5, 3.6, 3.7 et 3.8 (<code>pythonX.Y_utf32/</code>).
alors que <code>gurobi/9.0.1</code> utilise par défaut <code>python3.7/</code> et les paquets pour Python 2.7, 3.5, 3.6, 3.7 et 3.8 (<code>pythonX.Y_utf32/</code>).
</div>


Dans cet exemple, nous voulons créer un environnement Python basé sur <code>python/3.7</code> où nous voulons utiliser <code>gurobi/9.0.1</code> et installer le paquet Pandas.
<div class="mw-translate-fuzzy">
 
=== Créer un environnement virtuel Python ===
=== Créer un environnement virtuel Python ===
</div>


Cette procédure est effectuée une seule fois pour chaque système.
<div class="mw-translate-fuzzy">
 
Dans cet exemple, nous voulons créer un environnement Python basé sur <code>python/3.7</code> où nous voulons utiliser <code>gurobi/9.0.1</code> et installer le paquet Pandas.
Chargez d'abord les modules pour [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel|créer l'environnement virtuel]], puis activez l'environnement.
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
| module load gurobi/9.0.1 python/3.7
| module load gurobi/9.0.1 python/3.7
Line 147: Line 151:
| source ~/env_gurobi/bin/activate
| source ~/env_gurobi/bin/activate
}}
}}
</div>


Une fois l'environnement activé, vous pouvez installer les paquets Python que vous voulez, ici <code>pandas</code>.
<div class="mw-translate-fuzzy">
 
{{Commands|prompt=(env_gurobi) [name@server ~] $
| pip install --no-index  pandas
  Ignoring pip: markers 'python_version < "3"' don't match your environment
  Looking in links: /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/nix/avx2, /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/nix/generic, /  cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/generic
  Collecting pandas
  Collecting numpy>=1.13.3 (from pandas)
  [...]
  Successfully installed numpy-1.18.4 pandas-1.0.3 python-dateutil-2.8.1 pytz-2020.1 six-1.15.0
}}
 
Installez ensuite <tt>gurobipy</tt> dans l'environnement.
Installez ensuite <tt>gurobipy</tt> dans l'environnement.
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
{{Commands|prompt=(env_gurobi) [name@server ~] $
{{Commands|prompt=(env_gurobi) [name@server ~] $
| cd $EBROOTGUROBI
| cd $EBROOTGUROBI
Line 182: Line 178:
| cd
| cd
}}
}}
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
=== Environnement virtuel ===
=== Environnement virtuel ===
</div>


Les scripts Python peuvent maintenant importer Pandas et Gurobi.
Les scripts Python peuvent maintenant importer Pandas et Gurobi.


import pandas as pd
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
import numpy as np
| cat my_gurobi_script.py
import gurobipy as gurobi
  import pandas as pd
from gurobipy import *
  import numpy as np
  # [...]
  import gurobipy as gurobi
  from gurobipy import *
  etc
  }}


<div class="mw-translate-fuzzy">
Nous pouvons maintenant activer Gurobi et l'environnement avec
Nous pouvons maintenant activer Gurobi et l'environnement avec
</div>


module load gurobi/9.0.1
{{Commands|prompt=[name@server ~] $
source ~/env_gurobi/bin/activate
| module load gurobi/9.0.1
python my_gurobi_script.py
  source ~/env_gurobi/bin/activate
  (env_gurobi) python my_gurobi_script.py
}}


<div class="mw-translate-fuzzy">
Remarquez que nous utilisons maintenant <code>python</code> plutôt que <code>gurobi.sh</code>.
Remarquez que nous utilisons maintenant <code>python</code> plutôt que <code>gurobi.sh</code>.
</div>


Voici un exemple de script pour une tâche :
{{File
{{File
   |name=gurobi-py_example.sh
   |name=gurobi-py_example.sh
Line 221: Line 228:
python  my_gurobi_script.py
python  my_gurobi_script.py
}}
}}
== Using Gurobi with Jupyter notebooks ==
Various topics can be found by visiting [https://support.gurobi.com/ support.gurobi.com] and searching for <I>Jupyter notebooks</I>. "The article titled Where can I learn more about building optimization models?" provides several examples.  Information specific to using Gurobi with Jupyter notebooks on Compute Canada systems will be added to this wiki section in the future as required.


== Comment citer Gurobi ==
== Comment citer Gurobi ==


Voir [https://support.gurobi.com/hc/en-us/articles/360013195592-How-do-I-cite-Gurobi-software-for-an-academic-publication- ''How do I cite Gurobi software for an academic publication?'']
Voir [https://support.gurobi.com/hc/en-us/articles/360013195592-How-do-I-cite-Gurobi-software-for-an-academic-publication- ''How do I cite Gurobi software for an academic publication?'']
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