Installing software in your home directory/fr

La plupart des logiciels utilisés par les chercheurs universitaires sont disponibles gratuitement sur Internet. Vous pouvez demander à Calcul Canada s'installer de tels logiciels que vous pourrez ensuite utiliser avec la commande module load (voir Utiliser les modules); pour ce faire, écrivez à support@calculcanada.ca en joignant l'adresse URL pour l'installation. Si les clauses de la licence et les exigences techniques le permettent, le logiciel sera habituellement disponible dans 24 à 48 heures ouvrables.

Vous avez le droit d'installer des logiciels dans votre propre espace projet ou dans votre espace home, par exemple pour

• apporter vous-même des modifications au code
• évaluer un produit avant le temps alloué pour l'installation par notre équipe (24 à 48 heures ouvrables).

Prenez connaissance des directives pour l'installation du logiciel. Il s'agit souvent des instructions décrites ci-après.

configure; make; make install

 
 [nom@serveur ~]$ ./configure
 [nom@serveur ~]$ make
 [nom@serveur ~]$ make install
 

Cette syntaxe de commande est fréquemment utilisée, avec des variantes telles cmake . au lieu de ./configure et sudo make install au lieu de make install.

Ces instructions fonctionnent comme prévu à l'occasion, mais make install crée quelquefois un obstacle car le logiciel s'attend à pouvoir écrire dans /usr/local ou autre espace partagé du système de fichiers. La commande sudo make install causera toujours l'arrêt de la procédure parce que sudo exige les permissions d'administrateur (root). La solution consiste à placer un indicateur --prefix à l'étape configure pour que l'installation soit dirigée vers le répertoire de votre choix, par exemple

[nom@serveur ~]$ ./configure --prefix=/my/project/directory/some-package && make && make install

Si d'autres erreurs surviennent, contactez support@calculcanada.ca. Pour les détails, consultez les pages Make, Autotools et CMake.

BLAS/LAPACK et MKL

Pour plusieurs paquets logiciels, les librairies d'algèbre linéaire numérique BLAS ( -lblas) et LAPACK (-llapack) doivent être disponibles, ce qui n'est pas le cas pour les grappes de Calcul Canada puisque ces librairies sont intégrées à Math Kernel Library (MKL) d'Intel. Si vous utilisez un des compilateurs Intel (par exemple ifort, icc ou icpc), la solution est simple : il suffit d'ajouter au compilateur l'indicateur -mkl=sequential (sans parallélisation MKL interne) ou -mkl (avec parallélisation) ainsi que les options d’édition des liens pour faire en sorte que MKL et BLAS/LAPACK soient utilisés. Pour plus d'information, voyez Using the -mkl Compiler Option. Avec les compilateurs autres que ceux d'Intel, par exemple ceux de la collection Gnu, vous devrez lister explicitement les librairies MKL à l'étape des liens; vous pouvez utiliser l'outil d'Intel pour construire la syntaxe (voir Intel MKL Link Line Advisor).

apt-get et yum

Si le logiciel fait appel à apt-get ou yum, il est peu probable que vous puissiez l'installer avec ces instructions. Repérez les instructions to build from source ou contactez le soutien technique.

Paquets Python, R et Perl

Les langages Python, R, et Perl offrent d'importantes librairies d'extensions; presque toutes peuvent être facilement installées dans votre répertoire home. Consultez les pages Python, R et Perl pour savoir si le paquet dont vous avez besoin est disponible; si ce n'est pas le cas, vous trouverez aussi dans cette documentation l'information nécessaire pour l’installer par vous-même.

Installing binary packages

If you install pre-compiled binaries in your home directory (for example Miniconda) they may fail using errors such as /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found. Often such binaries can be patched using our setrpaths.sh script, using the syntax setrpaths.sh --path path [--add_origin] where path refers to the directory where you installed that software. This script will make sure that the binaries use the correct interpreter, and search for the libraries they are dynamically linked to in the correct folder. The option --add_origin will also add $ORIGIN to the RUNPATH. This is sometimes helpful if the library cannot find other libraries in the same folder as itself.

La pile logicielle de Calcul Canada

Le système de fichiers CVFMS (shared software distribution system) rend presque tous les logiciels disponibles sur les nouvelles grappes. Sous Linux, les logiciels seraient typiquement installés dans /usr/bin, /usr/include et ainsi de suite, alors que dans notre cas, ils sont installés de manière identique sur toutes les nouvelles grappes sous /cvmfs/soft.computecanada.ca.

Le module nixpkgs/16.09 est chargé par défaut et agit comme cœur pour la pile logicielle gérée par le gestionnaire de paquets Nic situé sous /cvmfs/soft.computecanada.ca/nix/var/nix/profiles/16.09.

Indiquez ce chemin avec la variable d'environnement $EBROOTNIXPKGS. À cet endroit se trouvent tous les paquets usuels fournis dans un environnement Linux dont make, ls, cat, grep. À la compilation d'un logiciel, le compilateur et l'éditeur de liens cherchent typiquement les fichiers d'entête et les librairies à l'endroit approprié (avec les variables d'environnement $CPATH et $LIBRARY_PATH respectivement).

Cependant, dans le cas de certains logiciels, /usr est explicitement indiqué; si c'est le cas, la compilation s'arrête et vous devrez spécifier $EBROOTNIXPKGS. Il faudra quelquefois ajuster un Makefile, passer un indicateur --with- via le script de compilation ou éditer un fichier de configuration. Si vous ne savez pas comment procéder, contactez le soutien technique.

De la même manière, si un paquet dépend d'une librairie provenant d'un module autre que nixpkgs, vous devrez peut-être spécifier où se trouvent les fichiers entête et les librairies du module. Ces autres modules ont aussi une variable d'environnement commençant par EBROOT et se terminant par le nom du module en majuscules. Par exemple, après avoir exécuté la commande module load hdf5, son installation se trouvera dans $EBROOTHDF5, ses fichiers d'entête dans $EBROOTHDF5/include, ses fichiers de librairie dans $EBROOTHDF5/lib et ainsi de suite.

Si un fichier entête ou une librairie habituellement offert dans une distribution de type Linux par un RPM ou autre gestionnaire de paquets ne se trouve ni par nixpkgs, ni par un autre module, veuillez nous en informer; nous pourrons très probablement l'ajouter.

Notes

• Tous les binaires sous /cvmfs/soft.computecanada.ca utilisent un RUNPATH; les répertoires des librairies d'exécution desquels dépendent ces binaires sont placés dans le binaire. Il n'est donc pas nécessaire d'utiliser $LD_LIBRARY_PATH. En fait, $LD_LIBRARY_PATH a préséance sur le RUNPATH et cette variable d'environnement ne devrait pas se trouver dans des endroits comme /usr/lib64 ou $EBROOTNIXPKGS/lib. Si vous procédez ainsi, plusieurs binaires ne fonctionneront pas.
• Si vous installez des binaires précompilés dans votre répertoire home (par exemple Miniconda), vous pourriez recevoir une erreur telle que /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found. Ces binaires peuvent souvent être réparés avec le script setrpaths.sh en utilisant la syntaxe setrpaths.sh --path path [--add_origin] où path désigne le répertoire où vous avez installé le logiciel. Ce script fait en sorte que les binaires utilisent le bon interpréteur et cherche les librairies auxquelles ils sont dynamiquement liés dans le répertoire approprié. L'option --add_origin ajoute aussi $ORIGIN au RUNPATH, ce qui peut s'avérer utile si la librairie ne peut trouver d'autres librairies situées dans le même répertoire qu'elle-même.
• En dernier recours, utilisez module --force purge pour éliminer l'environnement CVMFS. Vous obtiendrez ainsi une installation CentOS-7 brute, sans modules. Ceci peut servir dans des cas spéciaux où vous compilez GCC par vous-même ou quand vous utilisez des chaines d'outils de compilation comme MESA SDK. Il ne serait nécessaire de purger des modules qu'à la compilation et ils peuvent être chargés à nouveau au lancement du logiciel.

Intel Math Kernel Library, a software library of optimized math routines

CernVM File System

GNU Compiler Collection, an open source compiler collection