JupyterNotebook/fr: Difference between revisions

Ces directives permettent d'installer Jupyter Notebook avec la commande <code>pip</code> dans un [[Python/fr#Cr.C3.A9er_et_utiliser_un_environnement_virtuel|environnement virtuel Python]] dans votre répertoire personnel (''home'').  Les directives sont valides pour la version 3.5.2 de Python, mais vous pouvez installer l'application pour d'autres versions en chargeant le module Python approprié.

#Chargez le module Python.

#:{{Command|module load python/3.5.2}}

|chmod u+x $VIRTUAL_ENV/bin/notebook.sh

}}

== Installer des modules d'extension ==

[https://github.com/cmd-ntrf/jupyter-lmod Jupyter Lmod] est un module d'extension permettant d'interagir avec les modules d'environnement avant le lancement des noyaux (''kernels''). Il utilise l'interface Python de Lmod pour accomplir des tâches reliées aux modules comme le chargement, le déchargement, la sauvegarde des collections, etc.

{{Commands

|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]

|jupyter serverextension enable --py jupyterlmod --sys-prefix

}}

[https://github.com/jupyterhub/nbserverproxy nbserverproxy] permet d'accéder à des services web mandataires démarrés dans un serveur Jupyter. Ceci est utile dans le cas de services web qui n'écoutent que sur un port du serveur local, par exemple [https://www.tensorflow.org/programmers_guide/summaries_and_tensorboard TensorBoard].

{{Commands

|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]

}}

==== Exemple ====

Avec Jupyter, un service web est démarré via l'option ''New'' de Terminal.

{{Command

|tensorboard --port{{=}}8008

}}

Le service est disponible via /proxy/ sur https://address.of.notebook.server/user/theuser/proxy/8008.

Jupyter Notebook peut démarrer une session RStudio session qui utilise le système d'authentification par jeton de Jupyter Notebook. RStudio Launcher crée l'option ''RStudio Session'' dans la liste déroulante ''New'' de Jupyter Notebook.

{{Commands

|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]

|jupyter serverextension enable --py nbrsessionproxy --sys-prefix

}}

== Activer l'environnement ==

Une fois que Jupyter Notebook est installé, vous n'aurez qu'à recharger le module Python associé à votre environnement lorsque vous vous connectez à la grappe.

{{Command|module load python/3.5.2}}

Activez ensuite l'environnement virtuel dans lequel Jupyter Notebook est installé.

{{Command|source $HOME/jupyter_py3/bin/activate}}

=== RStudio Server (optionnel) ===  

Pour utiliser [[#RStudio_Launcher | RStudio Launcher]], chargez le module RStudio Server.

{{Command|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]

|module load rstudio-server}}

== Lancer Jupyter Notebook ==

Pour lancer l'application, soumettez une tâche interactive. Ajustez les paramètres selon vos besoins. Pour plus d'information, consultez [[Running_jobs/fr|Exécuter des tâches]].

|result=

salloc: Granted job allocation 1422754

[I 14:07:08.661 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /home/fafor10

[I 14:07:08.662 NotebookApp] 0 active kernels

Sur votre poste de travail, ouvrez une nouvelle fenêtre terminal et lancez la commande sshuttle pour créer le tunnel.

{{Command

|prompt=[name@my_computer $]

|sshuttle --dns -Nr userid@machine_name}}

Puis copiez-collez l'adresse URL dans votre fureteur. Dans l'exemple précédent, le résultat serait  

Pour créer un tunnel SSH, utilisez [[Connecting_with_MobaXTerm/fr|MobaXTerm]] comme suit&nbsp;:

<ol>

<li>Dans MobaXTerm, ouvrez un premier onglet ''Terminal'' (session 1) et connectez-vous à une grappe. Suivez ensuite les directives de la section [[#Lancer_Jupyter_Notebook| Lancer Jupyter Notebook]]. L'adresse URL suivante devrait s'afficher.

Remplacez <code><jeton></code> par la valeur obtenue à la session 1.

</ol>

== Fermer Jupyter Notebook ==

#Création du fichier pour que Jupyter Notebook puisse créer un canal de communication avec l'interpréteur&nbsp;: ce fichier est le ''kernel spec file''.

:Chacun de ces fichiers doit être créé dans son propre sous-répertoire dans un répertoire de votre répertoire personnel (''home'') par le chemin <code> ~/.local/share/jupyter/kernels</code>. Jupyter Notebook ne crée pas ce fichier; dans tous les cas, la première étape est de le créer avec la commande {{Command|mkdir -p  ~/.local/share/jupyter/kernels}}.

Les prochaines sections présentent des exemples de procédures d'installation d'un ''kernel''.

'''Avant d'installer un ''kernel'' Anaconda''', lisez la documentation et installez [[Anaconda/fr|Anaconda]].

# Chargez le module Anaconda. {{Command|module load miniconda3}}

# '''Optionnel''' : Activez un environnement conda particulier. {{Command|source activate <your env>}}

# Générez le spec file du ''kernel''. {{Command|python -m ipykernel install --user --name <unique identifier without white space> --display-name "My Anaconda 3 Kernel"}}

# '''Optionnel''' : Désactivez l'environnement virtuel. {{Command|source deactivate}}

Pour plus d'information, consultez la [http://ipython.readthedocs.io/en/stable/install/kernel_install.html documentation IPython kernel].

=== Julia ===

# Chargez le module Julia. {{Command|module load julia}}

# Activez l'environnement virtuel Jupyter Notebook. {{Command|source $HOME/jupyter_py3/bin/activate}}

# Installez IJulia. {{Command|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]|echo 'Pkg.add("IJulia")' {{!}} julia}}

Pour plus d'information, consultez la [https://github.com/JuliaLang/IJulia.jl documentation IJulia].

=== R ===

# Chargez le module R. {{Command|module load r}}

# Activez l'environnement virtuel Jupyter Notebook. {{Command|source $HOME/jupyter_py3/bin/activate}}

# Installez le ''kernel'' R. {{Command|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]|R -e "devtools::install_github(paste0('IRkernel/', c('repr', 'IRdisplay', 'IRkernel')))"}}

# Installez le spec file du ''kernel'' R. {{Command|prompt=(jupyter_py3)[name@server $]|R -e "IRkernel::installspec()"}}

Pour plus d'information, consultez la [https://irkernel.github.io/docs/ documentation IRKernel].

== References ==