Hélios/en

Availability: March 2014

Login node: helios3.calculquebec.ca

Globus endpoint: computecanada#helios-dtn

Data transfer node (rsync, scp, sftp,...): helios3.calculquebec.ca

Hélios is a supercomputer with general purpose graphics processor nodes (GPGPU) that was installed in Université Laval's computing centre in the spring of 2014. The server was purchased with funds from researchers at Laval and Montreal universities, as well as funds from Calcul Québec. Until the commissioning of Cedar and Graham, Helios had been the largest GPU deployment administered by Compute Canada, both in terms of computing power and number of GPUs.

Transferring your data

As of January 2020, Hélios is being aligned with the new Compute Canada standards.

• Connection identifiers are migrated from Calcul Québec to Compute Canada;
• Scheduling is migrated from Moab to Slurm;
• Filesystems are reorganised to conform to the structure used on the other national clusters;
• The modules system and the software are updated.

In this context, you must transfer your files from the old to the new filesystem. We suggest you use Globus from endpoint computecanada#colosse to endpoint computecanada#helios-dtn.

Particularités

Notre politique veut que les nœuds de calcul de Hélios n'aient pas accès à l'internet. Pour y faire exception, contactez le soutien technique en expliquant ce dont vous avez besoin et pourquoi. Notez que l'outil crontab n'est pas offert.

Chaque tâche devrait être d'une durée d’au moins une heure (au moins cinq minutes pour les tâches de test) et un utilisateur ne peut avoir plus de 1000 tâches (en exécution et en attente) à la fois. La durée maximale d'une tâche est 7 jours (168 heures).

Backups

A difference between Hélios and the new national clusters is that Hélios filesystems are not backed up. Please make sure your files are safely backed up elsewhere.

Jupyter

In addition to the traditional SSH access interface, you can also use a JupyterHub interface by connecting through https://jupyterhub.helios.calculquebec.ca/hub/spawn.

Software environment

Hélios uses version AVX of the Compute Canada software environment. See the list of available software under the AVX (Helios) tab.

GPUs disponibles

Hélios possède deux types de GPUs : NVIDIA K20 et NVIDIA K80. Pour spécifier l'un ou l'autre des deux types, utilisez les options suivantes dans votre script de soumission :

 #SBATCH --gres=gpu:k20:1

or

 #SBATCH --gres=gpu:k80:1

Stockage

Hélios a un seul système de fichiers Lustre de 392To. Celui-ci est cependant divisé en trois espaces avec des quotas distincts, tel que sur les nouvelles grappes de calcul de Calcul Canada. Il n'y a aucune sauvegarde du système de fichiers.

HOME Système de fichiers Lustre	Cet espace est petit et ne peut pas être agrandi : vous devrez utiliser votre espace project pour les grands besoins en stockage. 50 Go d’espace et 500K fichiers par utilisateur.
SCRATCH Système de fichiers Lustre	Grand espace pour stocker les fichiers temporaires pendant les calculs. 20 To d’espace et 1M fichiers par utilisateur.
PROJECT Système de fichiers Lustre	Cet espace est conçu pour le partage de données entre membres d'un groupe et pour le stockage de beaucoup de données. 1 To d’espace et 500K fichiers par groupe.

Pour les transferts de données par Globus, on devrait utiliser le point de chute computecanada#helios-dtn, alors que pour les outils comme rsync et scp, on peut utiliser un nœud de connexion.

Caractéristiques des nœuds

nœuds	cœurs	mémoire disponible	CPU	stockage	GPU
15	20	110G	2 x Intel Xeon Ivy Bridge E5-2670 v2 @ 2.5 GHz	1 x HDD de 2T	8 x NVidia K20 (mémoire 5G)
8	24	256G	2 x Intel Xeon Ivy Bridge E5-2697 v2 @ 2.7 GHz	2 x SSD de 180G (330G utilisable)	8 x NVidia K80 (16 GPUs, mémoire de 12G/GPU)

Globus is a file transfer service