QIIME/fr

QIIME (pour Quantitative Insights Into Microbial Ecology) est un pipeline bio-informatique open source pour l’analyse de microbiomes. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme Illumina, QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction philogénétique et l’analyse de la diversité.

NOTE : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.

Installation

L’installation peut se faire dans votre répertoire home avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec pip.

La procédure d’installation est différente selon que vous êtes ou non dans un environnement conda.

Dans un environnement conda

Il n’est pas recommandé d’utiliser un environnement conda en raison des problèmes fréquents qu’il cause en sur un système de CHP, mais vous pouvez quand même le faire, sachant toutefois que vous vous exposez à des risques.

QIIME 2 fournit des directives générales pour l’installation. Vous trouverez ci-dessous la procédure d’installation de la version 2019.7, adaptée pour les ordinateurs de Calcul Canada. Lorsqu’une nouvelle version du fichier .yml est disponible (voir les directives générales), utilisez cette nouvelle version en modifiant cette procédure :

eb Miniconda3-4.5.12.eb
module load miniconda3
conda update conda
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
conda init bash
conda activate qiime2-2019.7

Après l’étape conda init bash, n’oubliez pas de terminer votre session puis de vous connecter à nouveau.

Lancez QIIME 2 avec

module load miniconda3
conda activate qiime2-2019.7

Sans environnement conda (préférable)

Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez

eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb 

Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec

module load qiime2/2019.7

With singularity

It is also possible to run QIIME2 through singularity. A docker image is available at qiime2. First, you need to build a singularity image from docker:

[name@server ~]$ module load singularity
[name@server ~]$ singularity build qiime2-2019.10.sif docker://qiime2/core:2019.10

Then run your code as any other singularity job.

On first importing data into QIIME format you may receive an error ending with a message like this:

Timezone offset does not match system offset: 0 != -18000. Please, check your config files.

This can be worked around by setting a time zone before invoking Singularity:

[name@server ~]$ export TZ='UTC'
[name@server ~]$ singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ...

Références

Site web QIIME
Documentation EasyBuild
Documentation Conda