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* [https://foyer.mosdef.org/ foyer], un paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. | * [https://foyer.mosdef.org/ foyer], un paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. | ||
* [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], un langage hiérarchique pour construire des molécules basé sur des composantes. | * [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], un langage hiérarchique pour construire des molécules basé sur des composantes. | ||
* [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], un moteur de persistance pour les données en | * [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], un moteur de persistance pour les données en dynamique moléculaire. | ||
* [http://nglviewer.org/ nglview], une collection d'outils en ligne pour les graphiques moléculaires. | * [http://nglviewer.org/ nglview], une collection d'outils en ligne pour les graphiques moléculaires. | ||
* [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], un outil général pour les investigations de systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires. | * [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], un outil général pour les investigations de systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires. | ||
* [http://www.pyretis.org/ PyRETIS], une bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. | * [http://www.pyretis.org/ PyRETIS], une bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. | ||