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* [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires dans plusieurs formats | * [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires dans plusieurs formats. | ||
* [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats. | * [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats. | ||
* [https://biopython.org/ Biopython], ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques. | * [https://biopython.org/ Biopython], ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques. | ||
* [https://foyer.mosdef.org/ foyer], paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. | * [https://foyer.mosdef.org/ foyer], paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force. | ||
* [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], langage hiérarchique pour construire des molécules basé sur des composantes. | * [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild], langage hiérarchique pour construire des molécules basé sur des composantes. | ||
* [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], | * [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis], ensemble d’outils de manipulation et d'analyse des données de dynamique moléculaire. | ||
* [http://nglviewer.org/ nglview], collection d'outils en ligne pour | * [http://nglviewer.org/ nglview], collection d'outils en ligne pour la visualisation en moléculaire. | ||
* [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], outil général pour | * [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd], outil général pour l'analyse des systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires. | ||
* [http://www.pyretis.org/ PyRETIS], bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. | * [http://www.pyretis.org/ PyRETIS], bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication. | ||