OpenACC Tutorial - Profiling/fr

Objectifs d'apprentissage

• comprendre ce qu'est un profileur
• savoir utiliser le profileur NVPROF
• comprendre la performance du code
• savoir concentrer vos efforts et réécrire les routines qui exigent beaucoup de temps

Profiler du code

Pourquoi auriez-vous besoin de profiler du code? Parce que c'est la seule façon de comprendre

• comment le temps est employé aux points critiques (hotspots),
• comprendre la performance du code,
• savoir comment mieux employer votre temps de développement.

Pourquoi est-ce important de connaitre les points critiques dans le code? D'après la loi d'Amdahl, paralléliser les routines qui exigent le plus de temps d'exécution (les points critiques) produit le plus d'impact.

Préparer le code pour l'exercice

Pour l'exemple suivant, nous utilisons du code provenant de dépôt de données Git. Téléchargez et faites l'extraction du paquet et positionnez-vous dans le répertoire cpp ou f90. Le but de cet exemple est de compiler et lier le code pour obtenir un exécutable pour en profiler le code source avec un profileur.

Choix du compilateur

Mis de l'avant par Cray et par NVIDIA via sa division Portland Group jusqu'en 2020 puis via sa trousse HPC SDK, ceux deux types de compilateurs offrent le support le plus avancé pour OpenACC.

Quant aux compilateurs GNU, le support pour OpenACC 2.x continue de s'améliorer depuis la version 6 de GCC. En date de juillet 2022, les versions GCC 10, 11 et 12 supportent la version 2.6 d'OpenACC.

Dans ce tutoriel, nous utilisons la version 22.7 de NVIDIA HPC SDK. Notez que les compilateurs NVIDIA sont gratuits à des fins de recherche universitaire.

[name@server ~]$ module load nvhpc/22.7
Lmod is automatically replacing "intel/2020.1.217" with "nvhpc/22.7".

The following have been reloaded with a version change:
  1) gcccore/.9.3.0 => gcccore/.11.3.0        3) openmpi/4.0.3 => openmpi/4.1.4
  2) libfabric/1.10.1 => libfabric/1.15.1     4) ucx/1.8.0 => ucx/1.12.1

[name@server ~]$ make 
nvc++    -c -o main.o main.cpp
nvc++ main.o -o cg.x

Une fois l'exécutable cg.x créé, nous allons profiler son code source. Le profileur mesure les appels des fonctions en exécutant et en surveillant ce programme. Important : Cet exécutable utilise environ 3Go de mémoire et un cœur CPU presque à 100 %. L'environnement de test devrait donc avoir 4Go de mémoire disponible et au moins deux (2) cœurs CPU.

Choix du profileur

Dans ce tutoriel, nous utilisons deux profileurs :

• nvprof de NVIDIA , un profileur en ligne de commande capable d'analyser des codes non GPU
• nvvp (NVIDIA Visual Profiler) , un outil d'analyse multiplateforme pour des programmes écrits avec OpenACC et CUDA C/C++.

Puisque cg.x que nous avons construit n'utilise pas encore le GPU, nous allons commencer l'analyse avec le profileur nvprof.

Profileur en ligne de commande NVIDIA nvprof

Dans sa trousse de développement pour le calcul de haute performance, NVIDIA fournit habituellement nvprof, mais la version qu'il faut utiliser sur nos grappes est incluse dans un module CUDA.

[name@server ~]$ module load cuda/11.7

Pour profiler un exécutable CPU pur, nous devons ajouter les arguments --cpu-profiling on à la ligne de commande.

[name@server ~]$ nvprof --cpu-profiling on ./cg.x 
...
<Program output >
...
======== CPU profiling result (bottom up):
Time(%)      Time  Name
 83.54%  90.6757s  matvec(matrix const &, vector const &, vector const &)
 83.54%  90.6757s  | main
  7.94%  8.62146s  waxpby(double, vector const &, double, vector const &, vector const &)
  7.94%  8.62146s  | main
  5.86%  6.36584s  dot(vector const &, vector const &)
  5.86%  6.36584s  | main
  2.47%  2.67666s  allocate_3d_poisson_matrix(matrix&, int)
  2.47%  2.67666s  | main
  0.13%  140.35ms  initialize_vector(vector&, double)
  0.13%  140.35ms  | main
...
======== Data collected at 100Hz frequency

Dans le résultat, la fonction matvec() utilise 83.5 % du temps d'exécution; son appel se trouve dans la fonction main().

Renseignements sur le compilateur

Avant de travailler sur la routine, nous devons comprendre ce que fait le compilateur; posons-nous les questions suivantes :

• Quelles sont les optimisations qui ont été automatiquement appliquées par le compilateur?
• Qu'est-ce qui a empêché d'optimiser davantage?
• La performance serait-elle affectée par les petites modifications?

Le compilateur NVIDIA offre l'indicateur -Minfo avec les options suivantes :

• all, pour imprimer presque tous les types d'information, incluant
  • accel pour les opérations du compilateur en rapport avec l'accélérateur
  • inline pour l'information sur les fonctions extraites et alignées
  • loop,mp,par,stdpar,vect pour les renseignements sur l'optimisation et la vectorisation des boucles
• intensity, pour imprimer l'information sur l'intensité des boucles
• (aucune option) produit le même résultat que l'option all, mais sans l'information fournie par inline.

Obtenir les renseignements sur le compilateur

• Modifiez le Makefile.

 CXX=nvc++
 CXXFLAGS=-fast -Minfo=all,intensity
 LDFLAGS=${CXXFLAGS}

• Effectuez un nouveau build.

[name@server ~]$ make clean; make
...
nvc++ -fast -Minfo=all,intensity   -c -o main.o main.cpp
initialize_vector(vector &, double):
     20, include "vector.h"
          36, Intensity = 0.0
              Memory set idiom, loop replaced by call to __c_mset8
dot(const vector &, const vector &):
     21, include "vector_functions.h"
          27, Intensity = 1.00
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
          28, FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &):
     21, include "vector_functions.h"
          39, Intensity = 1.00
              Loop not vectorized: data dependency
              Generated vector simd code for the loop
              Loop unrolled 2 times
              FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
          40, FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
allocate_3d_poisson_matrix(matrix &, int):
     22, include "matrix.h"
          43, Intensity = 0.0
              Loop not fused: different loop trip count
          44, Intensity = 0.0
              Loop not vectorized/parallelized: loop count too small
          45, Intensity = 0.0
              Loop unrolled 3 times (completely unrolled)
          57, Intensity = 0.0
          59, Intensity = 0.0
              Loop not vectorized: data dependency
matvec(const matrix &, const vector &, const vector &):
     23, include "matrix_functions.h"
          29, Intensity = (num_rows*((row_end-row_start)*         2))/(num_rows+(num_rows+(num_rows+((row_end-row_start)+(row_end-row_start)))))
          33, Intensity = 1.00
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
          37, FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
main:
     38, allocate_3d_poisson_matrix(matrix &, int) inlined, size=41 (inline) file main.cpp (29)
          43, Intensity = 0.0
              Loop not fused: different loop trip count
          44, Intensity = 0.0
              Loop not vectorized/parallelized: loop count too small
          45, Intensity = 0.0
              Loop unrolled 3 times (completely unrolled)
          57, Intensity = 0.0
              Loop not fused: function call before adjacent loop
          59, Intensity = 0.0
              Loop not vectorized: data dependency
     42, allocate_vector(vector &, unsigned int) inlined, size=3 (inline) file main.cpp (24)
     43, allocate_vector(vector &, unsigned int) inlined, size=3 (inline) file main.cpp (24)
     44, allocate_vector(vector &, unsigned int) inlined, size=3 (inline) file main.cpp (24)
     45, allocate_vector(vector &, unsigned int) inlined, size=3 (inline) file main.cpp (24)
     46, allocate_vector(vector &, unsigned int) inlined, size=3 (inline) file main.cpp (24)
     48, initialize_vector(vector &, double) inlined, size=5 (inline) file main.cpp (34)
          36, Intensity = 0.0
              Memory set idiom, loop replaced by call to __c_mset8
     49, initialize_vector(vector &, double) inlined, size=5 (inline) file main.cpp (34)
          36, Intensity = 0.0
              Memory set idiom, loop replaced by call to __c_mset8
     52, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          39, Intensity = 0.0
              Memory copy idiom, loop replaced by call to __c_mcopy8
     53, matvec(const matrix &, const vector &, const vector &) inlined, size=19 (inline) file main.cpp (20)
          29, Intensity = [symbolic], and not printable, try the -Mpfi -Mpfo options
              Loop not fused: different loop trip count
          33, Intensity = 1.00
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
     54, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          27, FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
          36, FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
          39, Intensity = 0.67
              Loop not fused: different loop trip count
              Loop not vectorized: data dependency
              Generated vector simd code for the loop
              Loop unrolled 4 times
              FMA (fused multiply-add) instruction(s) generated
     56, dot(const vector &, const vector &) inlined, size=9 (inline) file main.cpp (21)
          27, Intensity = 1.00
              Loop not fused: function call before adjacent loop
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
     61, Intensity = 0.0
     62, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          39, Intensity = 0.0
              Memory copy idiom, loop replaced by call to __c_mcopy8
     65, dot(const vector &, const vector &) inlined, size=9 (inline) file main.cpp (21)
          27, Intensity = 1.00
              Loop not fused: different controlling conditions
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
     67, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          39, Intensity = 0.67
              Loop not fused: different loop trip count
              Loop not vectorized: data dependency
              Generated vector simd code for the loop
              Loop unrolled 4 times
     72, matvec(const matrix &, const vector &, const vector &) inlined, size=19 (inline) file main.cpp (20)
          29, Intensity = [symbolic], and not printable, try the -Mpfi -Mpfo options
              Loop not fused: different loop trip count
          33, Intensity = 1.00
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
     73, dot(const vector &, const vector &) inlined, size=9 (inline) file main.cpp (21)
          27, Intensity = 1.00
              Loop not fused: different loop trip count
              Generated vector simd code for the loop containing reductions
     77, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          39, Intensity = 0.67
              Loop not fused: different loop trip count
              Loop not vectorized: data dependency
              Generated vector simd code for the loop
              Loop unrolled 4 times
     78, waxpby(double, const vector &, double, const vector &, const vector &) inlined, size=10 (inline) file main.cpp (33)
          39, Intensity = 0.67
              Loop not fused: function call before adjacent loop
              Loop not vectorized: data dependency
              Generated vector simd code for the loop
              Loop unrolled 4 times
     88, free_vector(vector &) inlined, size=2 (inline) file main.cpp (29)
     89, free_vector(vector &) inlined, size=2 (inline) file main.cpp (29)
     90, free_vector(vector &) inlined, size=2 (inline) file main.cpp (29)
     91, free_vector(vector &) inlined, size=2 (inline) file main.cpp (29)
     92, free_matrix(matrix &) inlined, size=5 (inline) file main.cpp (73)

Interpréter le résultat

L'intensité computationnelle d'une boucle représente la quantité de travail accompli par la boucle en fonction des opérations effectuées en mémoire, soit

${\mbox{intensité computationnelle}}={\frac {\mbox{opérations de calcul}}{\mbox{opérations en mémoire}}}$

Dans le résultat, une valeur supérieure à 1 pour Intensity indique que la boucle serait bien exécutée sur un processeur graphique (GPU).

Comprendre le code

Regardons attentivement la boucle principale de la fonction matvec() implémentée dans matrix_functions.h:

  for(int i=0;i<num_rows;i++) {
    double sum=0;
    int row_start=row_offsets[i];
    int row_end=row_offsets[i+1];
    for(int j=row_start; j<row_end;j++) {
      unsigned int Acol=cols[j];
      double Acoef=Acoefs[j]; 
      double xcoef=xcoefs[Acol]; 
      sum+=Acoef*xcoef;
    }
    ycoefs[i]=sum;
  }

On trouvera les dépendances de données en se posant les questions suivantes :

• Une itération en affecte-t-elle d'autres?
  • par exemple, quand une suite de Fibonacci est générée, chaque nouvelle valeur dépend des deux valeurs qui la précèdent. Il est donc très difficile, sinon impossible, d'implémenter un parallélisme efficace.
• L'accumulation des valeurs dans sum est-elle une dépendance?
  • Non, c'est une réduction! Et les compilateurs modernes optimisent bien ce genre de réduction.
• Est-ce que les itérations de boucle écrivent et lisent dans les mêmes vecteurs de sorte que les valeurs sont utilisées ou écrasées par d'autres itérations?
  • Heureusement, ceci ne se produit pas dans le code ci-dessus.

Maintenant que le code est analysé, nous pouvons ajouter des directives au compilateur.

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GNU Compiler Collection, an open source compiler collection