VirSorter2/fr: Difference between revisions

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(Created page with "1. Chargez les modules nécessaires. {{Command |module load python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3 }} 2. Créez et activez un environnement virtuel Python. {{Commands |virtualenv --no-download ~/ENV_virsorter |source ~/ENV_virsorter/bin/activate }} 3. Installez VirSorter2 v2.2.4 dans l’environnement virtuel. {{Commands |prompt=(ENV_virsorter) [name@server ~] |pip install --no-index --upgrade pip |pip install --no-index virsorter{{=}}{{=}}2.2.4 }} 4. Validez l'installati...")
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N’oubliez pas de [https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00990-y#citeas citer VirSorter2] si vous l’utilisez pour vos analyses.
N’oubliez pas de [https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00990-y#citeas citer VirSorter2] si vous l’utilisez pour vos analyses.


<div class="mw-translate-fuzzy">
== Installation dans un environnement virtuel Python ==
== Installation dans un environnement virtuel Python ==
Les étapes ci-dessous servent à installer VirSorter2 dans votre répertoire $HOME avec nos [http://pythonwheels.com/ wheels Python] préconstruits. Les wheels personnalisés se trouvent dans /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/. Pour installer un wheel VirSorter2 dans un [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel_Python environnement virtuel Python, nous utilisons la commande <code>pip</code>.
Les étapes ci-dessous servent à installer VirSorter2 dans votre répertoire $HOME avec nos [http://pythonwheels.com/ wheels Python] préconstruits. Les wheels personnalisés se trouvent dans /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/. Pour installer un wheel VirSorter2 dans un [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel_Python| environnement virtuel Python]], nous utilisons la commande <code>pip</code>.
</div>


1. Chargez les modules nécessaires.
1. Chargez les modules nécessaires.
{{Command
{{Command
|module load python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3
|module load StdEnv/2020 python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3
}}
}}
2. Créez et activez un environnement virtuel Python.
2. Créez et activez un environnement virtuel Python.
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== Tester VirSorter2 ==
== Tester VirSorter2 ==
0. Désactivez votre environnement virtuel.
1. Désactivez votre environnement virtuel.
{{Command
{{Command
|deactivate
|deactivate
}}
}}


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
2. Téléchargez l’ensemble de données dans votre répertoire $SCRATCH.
1. Download the test dataset in <code>$SCRATCH</code>.
{{Command
{{Command
|wget -O $SCRATCH/test.fa https://raw.githubusercontent.com/jiarong/VirSorter2/master/test/8seq.fa
|wget -O $SCRATCH/test.fa https://raw.githubusercontent.com/jiarong/VirSorter2/master/test/8seq.fa
}}
}}
2. Create a submission script
3. Créez un script pour soumettre une tâche à l’ordonnanceur.
{{File
{{File
|name=test-virsorter.sh
|name=test-virsorter.sh
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|contents=
|contents=
#!/bin/bash
#!/bin/bash
</div>


#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --time=00:30:00
Line 73: Line 69:
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --cpus-per-task=2


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Load modules dependencies
# Load modules dependencies
module load python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3
module load StdEnv/2020 python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3
</div>


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Generate your virtual environment in $SLURM_TMPDIR
# Generate your virtual environment in $SLURM_TMPDIR
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/ENV
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/ENV
source $SLURM_TMPDIR/ENV/bin/activate
source $SLURM_TMPDIR/ENV/bin/activate
pip install --no-index --upgrade pip
pip install --no-index --upgrade pip
</div>


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Install VirSorter2 and its dependencies
# Install VirSorter2 and its dependencies
pip install --no-index -r ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt
pip install --no-index -r ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt
</div>


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Run VirSorter2 with the test dataset, using at most $SLURM_CPUS_PER_TASK and ignore conda.
# Run VirSorter2 with the test dataset, using at most $SLURM_CPUS_PER_TASK and ignore conda.
# The database must already exist and you must specify its location.
# The database must already exist and you must specify its location.
virsorter run -w $SCRATCH/test.out -i $SCRATCH/test.fa --min-length 1500 -j $SLURM_CPUS_PER_TASK --verbose --use-conda-off --db-dir $SCRATCH/db all
virsorter run -w $SCRATCH/test.out -i $SCRATCH/test.fa --min-length 1500 -j $SLURM_CPUS_PER_TASK --verbose --use-conda-off --db-dir $SCRATCH/db all
}}
}}
3. Start an interactive job.
3. Lancez une tâche interactive.
{{Command
{{Command
|salloc --mem-per-cpu{{=}}2G --cpus-per-task{{=}}2 --account{{=}}<your-account>
|salloc --mem-per-cpu{{=}}2G --cpus-per-task{{=}}2 --account{{=}}<your-account>
Line 103: Line 92:
  $ exit                              # Terminate the allocation
  $ exit                              # Terminate the allocation
  salloc: Relinquishing job allocation 1234567
  salloc: Relinquishing job allocation 1234567
</div>


<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
Si le test est réussi, vous pouvez utiliser la commande <code>sbatch</code> pour soumettre une tâche avec votre propre ensemble de données.
Upon a successful test run, you can submit a non-interactive job with your own dataset using [https://docs.alliancecan.ca/wiki/Running_jobs#Use_sbatch_to_submit_jobs <code>sbatch</code>].
</div>

Latest revision as of 19:44, 15 July 2024

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L'outil VirSorter2 permet d’identifier les nouvelles séquences de virus.

Nous abordons ici l’installation et l’utilisation de VirSorter2 v2.2.4.

Le code source et la documentation pour VirSorter2 se trouvent sur leur page GitHub.

N’oubliez pas de citer VirSorter2 si vous l’utilisez pour vos analyses.

Installation dans un environnement virtuel Python

Les étapes ci-dessous servent à installer VirSorter2 dans votre répertoire $HOME avec nos wheels Python préconstruits. Les wheels personnalisés se trouvent dans /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/. Pour installer un wheel VirSorter2 dans un environnement virtuel Python, nous utilisons la commande pip.

1. Chargez les modules nécessaires.

Question.png 
[name@server ~]$ module load StdEnv/2020 python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3

2. Créez et activez un environnement virtuel Python. 

[name@server ~]$ virtualenv --no-download ~/ENV_virsorter
[name@server ~]$ source ~/ENV_virsorter/bin/activate

3. Installez VirSorter2 v2.2.4 dans l’environnement virtuel. 

(ENV_virsorter) [name@server ~] pip install --no-index --upgrade pip
(ENV_virsorter) [name@server ~] pip install --no-index virsorter==2.2.4

4. Validez l'installation.

Question.png 
(ENV_virsorter) [name@server ~] virsorter -h

5. Gelez l’environnement et les éléments requis (requirements.txt).

Question.png 
(ENV_virsorter) [name@server ~] pip freeze > ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt

6. Téléchargez la base de données dans votre répertoire $SCRATCH en utilisant l'option --skip-deps-install pour ne pas installer conda et aussi parce que les dépendances sont déjà installées.

Question.png 
(ENV_virsorter) [name@server ~] virsorter setup --db-dir $SCRATCH/db -j 4 --skip-deps-install

Tester VirSorter2

1. Désactivez votre environnement virtuel.

Question.png 
[name@server ~]$ deactivate

2. Téléchargez l’ensemble de données dans votre répertoire $SCRATCH.

Question.png 
[name@server ~]$ wget -O $SCRATCH/test.fa https://raw.githubusercontent.com/jiarong/VirSorter2/master/test/8seq.fa

3. Créez un script pour soumettre une tâche à l’ordonnanceur.

File : test-virsorter.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
#SBATCH --cpus-per-task=2

# Load modules dependencies
module load StdEnv/2020 python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3

# Generate your virtual environment in $SLURM_TMPDIR
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/ENV
source $SLURM_TMPDIR/ENV/bin/activate
pip install --no-index --upgrade pip

# Install VirSorter2 and its dependencies
pip install --no-index -r ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt

# Run VirSorter2 with the test dataset, using at most $SLURM_CPUS_PER_TASK and ignore conda.
# The database must already exist and you must specify its location.
virsorter run -w $SCRATCH/test.out -i $SCRATCH/test.fa --min-length 1500 -j $SLURM_CPUS_PER_TASK --verbose --use-conda-off --db-dir $SCRATCH/db all


3. Lancez une tâche interactive.

Question.png 
[name@server ~]$ salloc --mem-per-cpu=2G --cpus-per-task=2 --account=<your-account>

salloc: Granted job allocation 1234567
$ bash test-virsorter.sh             # Run the submission script
$ exit                               # Terminate the allocation
salloc: Relinquishing job allocation 1234567

Si le test est réussi, vous pouvez utiliser la commande sbatch pour soumettre une tâche avec votre propre ensemble de données.

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