Niagara/fr: Difference between revisions

From Alliance Doc
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
(Updating to match new version of source page)
 
(40 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 1: Line 1:
<languages />
<languages />


<div class="mw-translate-fuzzy">
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|-
|-
| Disponibilité prévue : April 2018
| Disponible depuis avril 2018
|-
|-
| Nœud de connexion : '''niagara.computecanada.ca'''
| Nœud de connexion : '''niagara.alliancecan.ca'''
|-
|-
| Point de chute Globus : '''computecanada#niagara'''
| Point de chute Globus : '''computecanada.ca#niagara'''
|-
|-
| Nœuds de copie (rsync, scp, ...) : '''nia-dm2, nia-dm2''', voir [[Niagara_Quickstart/fr#Déplacer_des_données|Déplacer des données]]
| Nœuds de copie (rsync, scp, ...) : '''nia-dm2, nia-dm2''', voir [[Niagara_Quickstart/fr#Déplacer_des_données|Déplacer des données]]
|-
|-
| État : '''https://wiki.scinet.utoronto.ca/wiki/index.php/System_Alerts'''
| État : '''https://docs.scinet.utoronto.ca'''
|}
|}
</div>


Niagara est une grappe homogène, propriété de [https://www.utoronto.ca/ l'Université de Toronto], et opérée par [https://www.scinethpc.ca/ SciNet]. Capable d'accommoder des tâches parallèles de 1040 cœurs et plus, elle est conçue pour gérer efficacement des débits intensifs générés par une variété d'applications scientifiques à hauts volumes de données. Ses fonctions de réseau et de stockage offrent des performances excellentes et une grande capacité. Niagara démontre en plus une efficacité énergétique appréciable.  
Niagara est une grappe homogène, propriété de [https://www.utoronto.ca/ l'Université de Toronto], et opérée par [https://www.scinethpc.ca/ SciNet]. Capable d'accommoder des tâches parallèles de 1040 cœurs et plus, elle est conçue pour gérer efficacement des débits intensifs générés par une variété d'applications scientifiques à hauts volumes de données. Ses fonctions de réseau et de stockage offrent des performances excellentes et une grande capacité. Niagara démontre en plus une efficacité énergétique appréciable.  
Line 18: Line 20:
En général, l'environnement est semblable à celui de Cedar ou Graham, avec quelques différences mineures. Voir les particularités dans [[Niagara Quickstart/fr| Niagara ː Guide de démarrage]].   
En général, l'environnement est semblable à celui de Cedar ou Graham, avec quelques différences mineures. Voir les particularités dans [[Niagara Quickstart/fr| Niagara ː Guide de démarrage]].   


Cette grappe fait partie des ressources allouées dans le cadre du [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours 2018]; les allocations sont en vigueur depuis le 4 avril 2018.  
Des GPU sont disponibles sur la grappe [https://docs.scinet.utoronto.ca/index.php/Mist Mist]; voir la documentation préliminaire sur le [https://docs.scinet.utoronto.ca/index.php/Mist site  de SciNet].
 
<div class="mw-translate-fuzzy">
Cette grappe fait partie des ressources allouées dans le cadre du [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours 2018]; les allocations sont en vigueur depuis le 4 avril 2018.
</div>


Vidéo ː [https://youtu.be/EpIcl-iUCV8 Présentation de Niagara au SciNet User Group Meeting du 14 février 2018]
Vidéo ː [https://youtu.be/EpIcl-iUCV8 Présentation de Niagara au SciNet User Group Meeting du 14 février 2018]
Line 25: Line 31:




<div class="mw-translate-fuzzy">
=Spécifications techniques=
=Spécifications techniques=
</div>


* 1500 nœuds avec chacun 40 cœurs Skylake 2.4GHz d'Intel, pour un total de 60&nbsp;000 cœurs
<div class="mw-translate-fuzzy">
* 2024 nœuds avec chacun 40 cœurs Intel Skylake 2.4GHz ou 40 cœurs Intel Cascadelake 2.5GHz, pour un total de 80&nbsp;640 cœurs
* mémoire vive de 202Go (188 Gio) par nœud
* mémoire vive de 202Go (188 Gio) par nœud
* réseau InfiniBand EDR (''Enhanced Data Rate'') à topologie dite ''Dragonfly+''
* réseau InfiniBand EDR (''Enhanced Data Rate'') à topologie dite ''Dragonfly+''
* espace ''scratch'' de 6Po, espace projet de 3Po (système de fichiers parallèle Spectrum Scale d'IBM, autrefois connu sous l'appellation ''GPFS'')
* espace ''scratch'' de 12.5Po, espace projet de 3.5Po (système de fichiers parallèle Spectrum Scale d'IBM, autrefois connu sous l'appellation ''GPFS'')
* tampon de mémoire en rafale (''burst buffer'') de 256To, Excelero + Spectrum Scale d'IBM
* mémoire tampon d'accès en rafale (''burst buffer'') de 256To, Excelero + Spectrum Scale d'IBM
* aucun disque local
* aucun disque local
* aucun GPU
* aucun GPU
* Rpeak de 4.61Pflops
* Performanche théorique (Rpeak) de 6.25Pflops
* Rmax de 3.0Pflops
* Performance mesurée (Rmax) de 3.6Pflops
* consommation électrique 685 kW
* consommation électrique 920kW
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
=Stockage=
=Stockage=
{| class="wikitable sortable"
{| class="wikitable sortable"
|-
|-
| '''espace ''home''''' <br />volume total 600To <br />système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)||
| '''espace ''home''''' <br />volume total 200To <br />système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)||
* emplacement des répertoires ''home''
* sauvegardé sur bandes
* disponible par la variable d'environnement <code>$HOME</code>
* persistant
* chaque répertoire ''home'' a un [[Storage and file management/fr#Quotas_et_politiques|quota]] fixe de 100Go
* non alloué, quantité standard pour chaque utilisateur (utiliser espaces ''scratch'' ou projet pour plus de stockage)
* copies de sauvegarde quotidienne
|-
|-
| '''espace ''scratch'''''<br />volume total 6Po<br />volume total 7Po<br />système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)||
| '''espace ''scratch'''''<br />12.5Po (~100Go/s en écriture; ~120Go/s en lecture)<br />système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)||
* pour stockage (<code>/scratch</code>) actif ou temporaire (~ 80Go/s)
* disponible par la variable d'environnement <code>$SCRATCH</code>
* non alloué
* grand [[Storage and file management/fr#Quotas_et_politiques|quota]] fixe par utilisateur et par groupe
* les données inactives sont purgées
* les données inactives sont purgées
|-
|-
| '''mémoire tampon en rafale (''burst buffer'')'''<br />volume total 256To<br />système de fichiers parallèle extra haute performance (Excelero+Spectrum Scale d'IBM)||
| '''mémoire tampon d'accès en rafale (''burst buffer'')'''<br />232To (~90Go/s en écriture; ~154Go/s en lecture) <br />système de fichiers parallèle extra haute performance (Excelero+Spectrum Scale d'IBM)||
* stockage rapide en cours d'exécution, 160Go/s, IOPS (''input/output operations per second'') très élevé
* les données inactives sont purgées
* configuration présentement incomplète, mais les données seront purgées très fréquemment (peu de temps après la fin de la tâche) et l'espace de stockage ne fera pas partie des concours d'allocation de ressources
* non alloué
|-
|-
|'''espace projet'''<br />volume total 3Po<br /> système de fichiers parallèle haute performance (Spectrum Scale d'IBM)||
|'''espace projet'''<br />3.5Po (~100Go/s en écriture; ~120Go/s en lecture)<br /> système de fichiers parallèle haute performance (Spectrum Scale d'IBM)||
* sauvegardé sur bandes
* alloué via le [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours d'allocation de ressources]
* alloué via le [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours d'allocation de ressources]
* pour stockage actif avec peu de modifications de données et ensembles de données relativement fixes
* persistant
* disponible par la variable d'environnement <code>$PROJECT</code>
* [[Storage and file management/fr#Quotas_et_politiques|quota]] par projet
* copie de sauvegarde
|-
|-
| '''espace archive'''<br />volume total 10Po<br />stockage haute performance (HPSS d'IBM)||
| '''espace archive'''<br />volume total 20Po<br />stockage haute performance (HPSS d'IBM)||
* HSM sauvegardé sur bandes
* alloué via le [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours d'allocation de ressources]
* alloué via le [https://www.computecanada.ca/page-daccueil-du-portail-de-recherche/acces-aux-ressources/concours-dallocation-des-ressources/?lang=fr concours d'allocation de ressources]
* espace ''nearline'' disponible pour les grands jeux de données qui doivent utiliser des ressources autres que les systèmes de fichiers actifs
* persistant
* disponible par la variable d'environnement <code>$ARCHIVE</code>
* grand [[Storage and file management/fr#Quotas_et_politiques|quota]] fixe par groupe
* copie de sauvegarde en double sur bandes
|}
|}
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
=Réseautique haute performance=
=Réseautique haute performance=
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
La grappe Niagara offre un réseau InfiniBand EDR (''Enhanced Data Rate'') à topologie dite ''Dragonfly̝+'' de quatre ailes. Chacune des ailes d'un maximum de 432 nœuds chacune (pour 17280) possèdent des connecteurs 1-1. La communication entre les ailes se fait par routage adaptatif, évitant ainsi la congestion et offrant un ratio de blocage 2ː1 entre les nœuds des différentes ailes.
La grappe Niagara offre un réseau InfiniBand EDR (''Enhanced Data Rate'') à topologie dite ''Dragonfly̝+'' de quatre ailes. Chacune des ailes d'un maximum de 432 nœuds chacune (pour 17280) possèdent des connecteurs 1-1. La communication entre les ailes se fait par routage adaptatif, évitant ainsi la congestion et offrant un ratio de blocage 2ː1 entre les nœuds des différentes ailes.
</div>


<div class="mw-translate-fuzzy">
=Caractéristiques des nœuds=
=Caractéristiques des nœuds=
</div>


* CPU : 2 sockets avec 20 cœurs Skylake d'Intel (2.4GHz, AVX512), pour un total de 40 cœurs par nœud
* CPU : 2 sockets avec 20 cœurs Skylake d'Intel (2.4GHz, AVX512), pour un total de 40 cœurs par nœud
* Puissance de calcul : 3 TFlops (pointe théorique maximale)
* Puissance de calcul : 3.07 TFlops (pointe théorique maximale)
* Connexion réseau : 100Go/s EDR Dragonfly̟
* Connexion réseau : 100Go/s EDR Dragonfly̟
* Mémoire vive : 202Go (188 Gio), soit un peu plus que 4Gio par cœur
* Mémoire vive : 202Go (188 Gio), soit un peu plus que 4Gio par cœur
Line 89: Line 94:
* Système d'exploitation : Linux, CentOS 7
* Système d'exploitation : Linux, CentOS 7


<div class="mw-translate-fuzzy">
=Ordonnancement=
=Ordonnancement=
</div>


L'ordonnancement des tâches se fait avec [[Running jobs/fr|Slurm]] et les commandes de base sont les mêmes qu'avec Cedar et Graham. Il faut cependant noter les différences suivantes ː
L'ordonnancement des tâches se fait avec [[Running jobs/fr|Slurm]] et les commandes de base sont les mêmes qu'avec Cedar et Graham. Il faut cependant noter les différences suivantes ː
Line 98: Line 105:
Les détails d'utilisation seront communiqués dès que disponibles.
Les détails d'utilisation seront communiqués dès que disponibles.


<div class="mw-translate-fuzzy">
=Logiciel=
=Logiciel=
</div>


*Les logiciels sont installés à partir de modules.
*Les logiciels sont installés à partir de modules.
*Les logiciels usuels sur les grappes de Calcul Canada ainsi que les logiciels spécifiques à Niagara sont disponibles.
*Les logiciels usuels sur les grappes de l'Alliance ainsi que les logiciels spécifiques à Niagara sont disponibles.
*Contrairement aux grappes Cedar et Graham, aucun module n'est chargé par défaut sur Niagara, ceci pour éviter les conflits de versions. Pour charger la pile logicielle de Cedar ou Graham, utilisez le module CCEnv comme discuté dans [[Niagara Quickstart]].
*Contrairement aux grappes Cedar et Graham, aucun module n'est chargé par défaut sur Niagara, ceci pour éviter les conflits de versions. Pour charger la pile logicielle de Cedar ou Graham, utilisez le module CCEnv comme discuté dans [[Niagara Quickstart]].


= Migration vers Niagara et accès =
<div class="mw-translate-fuzzy">
= Accès =
L'accès à Niagara n'est pas automatiquement disponible à tous les détenteurs d'un compte avec l'Alliance, mais si vous détenez un compte, l'accès peut être activé.
Si vous avez un compte actif, mais n'avez pas encore accès à Niagara (par exemple, parce que vous êtes un nouvel utilisateur et que vous appartenez à un groupe dont le chercheur principal ne dispose pas de ressources allouées par [https://alliancecan.ca/fr/services/calcul-informatique-de-pointe/acces-aux-ressources/concours-pour-lallocation-de-ressources concours]), rendez-vous sur la [https://ccdb.computecanada.ca/services/opt_in page des services disponibles] dans CCDB et cliquez sur <i>Se joindre</i>. L'accès vous sera habituellement accordé dans les deux jours ouvrables.
</div> 


== Migration pour les utilisateurs de SciNet ==
<div class="mw-translate-fuzzy">
Si vous avez besoin d'assistance, n'hésitez pas à [mailto:niagara@computecanada.ca nous contacter].
</div>


* Accounts, $HOME &amp; $PROJECT of active GPC users have been transferred to Niagara (except dot-files in ~).
<div class="mw-translate-fuzzy">
* Les données dans l'espace $SCRATCH n'ont pas été et ne seront pas transférées automatiquement.
== Guide de démarrage ==
* Users are to clean up $SCRATCH on the GPC as much as possible (il s'agit de données temporaires). Then they can transfer what they need using datamover nodes. Let us know if you need help.
</div>
* To enable this transfer, there will be a short period during which you can have access to Niagara as well as to the GPC storage resources. This period will end no later than May 9, 2018. 
 
== Nouveaux utilisateurs qui ne possèdent pas de compte SciNet ==


<ul>
Veuillez lire attentivement la page [[Niagara Quickstart/fr|Niagara ː Guide de démarrage]].
<li><p>Si vous être un nouvel utilisateur de SciNet et que des ressources sur Niagara vous ont été allouées dans le cadre du concours de 2018, votre compte est déjà créé et vous pouvez vous connecter.</p></li>
<li><p>Si vous être un nouvel utilisateur sans ressources allouées par suite du concours de 2018, nous souhaitons vous informer que la procédure d'accès n'est pas encore au point. Si vous ne pouvez pas attendre, vous pouvez toujours demander un compte SciNet via [https://ccdb.computecanada.ca/me/facilities CCDB] ou écrivez à support@scinet.utoronto.ca.</p></li></ul>
 
== Guide de démarrage ==


Voir la page [[Niagara Quickstart/fr|Niagara ː Guide de démarrage]].
[[Category:Pages with video links]]

Latest revision as of 15:35, 24 October 2024

Other languages:
Disponible depuis avril 2018
Nœud de connexion : niagara.alliancecan.ca
Point de chute Globus : computecanada.ca#niagara
Nœuds de copie (rsync, scp, ...) : nia-dm2, nia-dm2, voir Déplacer des données
État : https://docs.scinet.utoronto.ca

Niagara est une grappe homogène, propriété de l'Université de Toronto, et opérée par SciNet. Capable d'accommoder des tâches parallèles de 1040 cœurs et plus, elle est conçue pour gérer efficacement des débits intensifs générés par une variété d'applications scientifiques à hauts volumes de données. Ses fonctions de réseau et de stockage offrent des performances excellentes et une grande capacité. Niagara démontre en plus une efficacité énergétique appréciable.

En général, l'environnement est semblable à celui de Cedar ou Graham, avec quelques différences mineures. Voir les particularités dans Niagara ː Guide de démarrage.

Des GPU sont disponibles sur la grappe Mist; voir la documentation préliminaire sur le site de SciNet.

Cette grappe fait partie des ressources allouées dans le cadre du concours 2018; les allocations sont en vigueur depuis le 4 avril 2018.

Vidéo ː Présentation de Niagara au SciNet User Group Meeting du 14 février 2018

Vidéo ː Installation du matériel


Spécifications techniques

  • 2024 nœuds avec chacun 40 cœurs Intel Skylake 2.4GHz ou 40 cœurs Intel Cascadelake 2.5GHz, pour un total de 80 640 cœurs
  • mémoire vive de 202Go (188 Gio) par nœud
  • réseau InfiniBand EDR (Enhanced Data Rate) à topologie dite Dragonfly+
  • espace scratch de 12.5Po, espace projet de 3.5Po (système de fichiers parallèle Spectrum Scale d'IBM, autrefois connu sous l'appellation GPFS)
  • mémoire tampon d'accès en rafale (burst buffer) de 256To, Excelero + Spectrum Scale d'IBM
  • aucun disque local
  • aucun GPU
  • Performanche théorique (Rpeak) de 6.25Pflops
  • Performance mesurée (Rmax) de 3.6Pflops
  • consommation électrique 920kW

Stockage

espace home
volume total 200To
système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)
  • sauvegardé sur bandes
  • persistant
espace scratch
12.5Po (~100Go/s en écriture; ~120Go/s en lecture)
système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)
  • les données inactives sont purgées
mémoire tampon d'accès en rafale (burst buffer)
232To (~90Go/s en écriture; ~154Go/s en lecture)
système de fichiers parallèle extra haute performance (Excelero+Spectrum Scale d'IBM)
  • les données inactives sont purgées
espace projet
3.5Po (~100Go/s en écriture; ~120Go/s en lecture)
système de fichiers parallèle haute performance (Spectrum Scale d'IBM)
espace archive
volume total 20Po
stockage haute performance (HPSS d'IBM)

Réseautique haute performance

La grappe Niagara offre un réseau InfiniBand EDR (Enhanced Data Rate) à topologie dite Dragonfly̝+ de quatre ailes. Chacune des ailes d'un maximum de 432 nœuds chacune (pour 17280) possèdent des connecteurs 1-1. La communication entre les ailes se fait par routage adaptatif, évitant ainsi la congestion et offrant un ratio de blocage 2ː1 entre les nœuds des différentes ailes.

Caractéristiques des nœuds

  • CPU : 2 sockets avec 20 cœurs Skylake d'Intel (2.4GHz, AVX512), pour un total de 40 cœurs par nœud
  • Puissance de calcul : 3.07 TFlops (pointe théorique maximale)
  • Connexion réseau : 100Go/s EDR Dragonfly̟
  • Mémoire vive : 202Go (188 Gio), soit un peu plus que 4Gio par cœur
  • Disque local : aucun
  • GPU/accélérateurs ː aucun
  • Système d'exploitation : Linux, CentOS 7

Ordonnancement

L'ordonnancement des tâches se fait avec Slurm et les commandes de base sont les mêmes qu'avec Cedar et Graham. Il faut cependant noter les différences suivantes ː

  • L'ordonnancement se fait seulement par nœud; les tâches doivent toujours demander des multiples de 40 cœurs par tâche.
  • Il n'est pas nécessaire et non recommandé de demander une quantité spécifique de mémoire; la quantité de mémoire est égale pour chacun des nœuds (202Go/188Gio moins la mémoire utilisée par le système d'exploitation)

Les détails d'utilisation seront communiqués dès que disponibles.

Logiciel

  • Les logiciels sont installés à partir de modules.
  • Les logiciels usuels sur les grappes de l'Alliance ainsi que les logiciels spécifiques à Niagara sont disponibles.
  • Contrairement aux grappes Cedar et Graham, aucun module n'est chargé par défaut sur Niagara, ceci pour éviter les conflits de versions. Pour charger la pile logicielle de Cedar ou Graham, utilisez le module CCEnv comme discuté dans Niagara Quickstart.

Accès

L'accès à Niagara n'est pas automatiquement disponible à tous les détenteurs d'un compte avec l'Alliance, mais si vous détenez un compte, l'accès peut être activé. Si vous avez un compte actif, mais n'avez pas encore accès à Niagara (par exemple, parce que vous êtes un nouvel utilisateur et que vous appartenez à un groupe dont le chercheur principal ne dispose pas de ressources allouées par concours), rendez-vous sur la page des services disponibles dans CCDB et cliquez sur Se joindre. L'accès vous sera habituellement accordé dans les deux jours ouvrables.

Si vous avez besoin d'assistance, n'hésitez pas à nous contacter.

Guide de démarrage

Veuillez lire attentivement la page Niagara ː Guide de démarrage.

Globus is a file transfer service

Compute Canada Data Base

Retrieved from "https://docs.alliancecan.ca/mediawiki/index.php?title=Niagara/fr&oldid=163150"