QIIME/fr

QIIME (pour Quantitative Insights Into Microbial Ecology) est un pipeline bio-informatique open source pour l’analyse de microbiomes. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme Illumina, QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction philogénétique et l’analyse de la diversité.

NOTE : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.

Note: As of February, 2020, due to various issues generated by Conda environments in our HPC systems, installation using Anaconda or Miniconda is no longer supported.

Installation

L’installation peut se faire dans votre répertoire home avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec pip.

Utilisation avec Singularity

Il est aussi possible d'utiliser QIIME 2 via Singularity; voyez l'image docker disponible. Tout d'abord, créez une image à partir du site Docker comme suit :

[name@server ~]$ module load singularity
[name@server ~]$ singularity build qiime2-2019.10.sif docker://qiime2/core:2019.10

This build step may take over an hour, but you only need do this once. Save the image file (qiime2-2019.10.sif in this example) for later re-use.

Exécutez ensuite votre programme comme toute autre tâche Singularity.

[name@server ~]$ singularity exec qiime2-2019.10.sif <your QIIME command>

So your SBATCH script might look something like this:

#!/bin/bash
#SBATCH --time=15:00:00
#SBATCH --account=def-someuser

singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
  qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Sequence]' \
  --input-path /path/to/some_fastafile.fa \
  --output-path /path/to/some_output_feature.qza

singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
  qiime tools import \
  --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
  --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
  --input-path /path/to/some_taxonomy_file.tax \
  --output-path /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza

singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
  qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
  --i-reference-reads  /path/to/some_output_feature.qza \
  --i-reference-taxonomy /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza \
  --o-classifier /path/to/some_output_classifier.qza

Note that it is important to bind the folders you want to work with to the execution of the container. For more information about Singularity, you can watch the recorded Singularity webinar.

La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à

Timezone offset does not match system offset: 0 != -18000. Please, check your config files.

Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Singularity, comme suit :

[name@server ~]$ export TZ='UTC'
[name@server ~]$ singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ...

Sans environnement conda (préférable)

Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez

[name@server ~]$ eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb

Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec

[name@server ~]$ module load qiime2/2019.7

Because this creates all the packages required for QIIME, it generates too many files in your home directory. We recommend that you remove those files once you are done with all computations since it uses almost half of your total allocation. The Singularity solution described above creates one big file instead of thousand of smaller files, which is why we recommend it.

Références

Site web QIIME
Documentation EasyBuild