Translations:Biomolecular simulation/13/fr: Difference between revisions

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* [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], une bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de mécanique moléculaires (MD) dans plusieurs formats populaires.
* [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis], une bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires (MD) dans plusieurs formats populaires.
* [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats.  
* [http://mdtraj.org/ MDTraj], qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats.  
* [https://biopython.org/ Biopython], un ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques.
* [https://biopython.org/ Biopython], un ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques.

Revision as of 17:23, 28 July 2020

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Message definition (Biomolecular simulation)
* [https://www.mdanalysis.org/ MDAnalysis] is an object-oriented Python library to analyze trajectories from molecular dynamics (MD) simulations in many popular formats.
* [http://mdtraj.org/ MDTraj] can also read, write and analyze MD trajectories with only a few lines of Python code with wide MD format support.
* [https://biopython.org/ Biopython] is a set of freely available tools for biological computation.
* [https://foyer.mosdef.org/ foyer] is a package for atom-typing as well as applying and disseminating force fields.
* [https://mbuild.mosdef.org/ mBuild] is a hierarchical, component based molecule builder.
* [https://mdsynthesis.readthedocs.io/ mdsynthesis] is a persistence engine for molecular dynamics data.
* [http://nglviewer.org/ nglview]: NGL Viewer is a collection of tools for web-based molecular graphics.
* [http://parmed.github.io/ParmEd/ ParmEd] is a general tool for aiding in investigations of biomolecular systems using popular molecular simulation packages.
* [[PyRETIS]] is a Python library for rare event molecular simulations with emphasis on methods based on transition interface sampling and replica exchange transition interface sampling.
  • MDAnalysis, une bibliothèque Python orientée objet pour l'analyse de trajectoires dans les simulations de dynamique moléculaires (MD) dans plusieurs formats populaires.
  • MDTraj, qui peut aussi lire, écrire et analyser des trajectoires par quelques lignes de code Python, dans une grande variété de formats.
  • Biopython, un ensemble d'outils gratuits pour les calculs biologiques.
  • foyer, un paquet pour déterminer le type des atomes et appliquer et disséminer les champs de force.
  • mBuild, un langage hiérarchique pour construire des molécules basé sur des composantes.
  • mdsynthesis, un moteur de persistance pour les données en mécanique moléculaire.
  • nglview, une collection d'outils en ligne pour les graphiques moléculaires.
  • ParmEd, un outil général pour les investigations de systèmes biomoléculaires avec des paquets de simulation populaires.
  • PyRETIS, une bibliothèque Python pour les simulations d'événements rares, avec une emphase sur l'échantillonage d'interfaces de transition et d'interfaces de transition avec échange de réplication.
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