Translations:GROMACS/17/fr: Difference between revisions

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* * [[File:Warning sign 16px.png|frameless|warning]] Les versions 2020.0 jusqu'à 2021.5 inclusivement contiennent un bogue quand elles sont utilisées avec des GPU de génération Volta ou plus récentes (V100, T4 et A100) avec l'option <code>-update gpu</code> de <code>mdrun</code> qui aurait pu perturber le calcul viriel et ainsi fausser le raccord de pression. Dans les notes de mise à jour de la version 2021.6 on peut lire :<ref>"Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [https://manual.gromacs.org/2021.6/release-notes/2021/2021.6.html#fix-missing-synchronization-in-cuda-update-kernels]</ref> <blockquote>>[traduction libre] ''La mise à jour  n'est pas activée par défaut sur le GPU et donc l'erreur ne peut se produire que dans les simulations où l'option <tt>-update gpu</tt> a été explicitement sélectionnée; même dans ce cas, l'erreur peut être rare car nous ne l'avons pas observée en pratique dans les tests que nous avons effectués.</blockquote> Vous trouverez plus d'information dans GitLab, au sujet  #4393 du projet GROMACS.<ref>Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4393]</ref>
* * [[File:Warning sign 16px.png|frameless|warning]] Les versions 2020.0 jusqu'à 2021.5 inclusivement contiennent un bogue quand elles sont utilisées avec des GPU de génération Volta ou plus récentes (V100, T4 et A100) avec l'option <code>-update gpu</code> de <code>mdrun</code> qui aurait pu perturber le calcul viriel et ainsi fausser le raccord de pression. Dans les notes de mise à jour de la version 2021.6 on peut lire :<ref>"Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [https://manual.gromacs.org/2021.6/release-notes/2021/2021.6.html#fix-missing-synchronization-in-cuda-update-kernels]</ref> <blockquote>>[traduction libre] ''La mise à jour  n'est pas activée par défaut sur le GPU et donc l'erreur ne peut se produire que dans les simulations où l'option <tt>-update gpu</tt> a été explicitement sélectionnée; même dans ce cas, l'erreur peut être rare car nous ne l'avons pas observée en pratique dans les tests que nous avons effectués.</blockquote> Vous trouverez plus d'information dans GitLab, au sujet  #4393 du projet GROMACS.<ref>Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4393]</ref>
*Les versions depuis 2020.4 ont été compilées pour [[Standard software environments/fr|l'environnement logiciel standard]]  <code>StdEnv/2020</code>.
*Les versions depuis 2020.4 ont été compilées pour [[Standard software environments/fr|l'environnement logiciel standard]]  <code>StdEnv/2020</code>.
????* Version 2018.7 and newer have been compiled with GCC compilers and the MKL-library, as they run a bit faster.????
*Les versions 2018.7 et suivantes ont été compilées avec les compilateurs GCC et la bibliothèque MKL puisqu’ils améliorent légèrement la performance.
*Les versions antérieures ont été compilées avec soit des compilateurs GCC et FFTW, soit avec des compilateurs Intel MKL avec des bibliothèques Open MPI 2.1.1 à partir de l'environnement par défaut, comme indiqué dans le tableau ci-dessus.
*Les versions antérieures ont été compilées avec soit des compilateurs GCC et FFTW, soit avec des compilateurs Intel MKL avec des bibliothèques Open MPI 2.1.1 à partir de l'environnement par défaut, comme indiqué dans le tableau ci-dessus.
*Les versions CPU (non GPU) sont disponibles en simple et double précisions à l'exception de 2019.3 ('''&#8225;'''), où la double précision n'est pas disponible pour AVX512.
*Les versions CPU (non GPU) sont disponibles en simple et double précisions à l'exception de 2019.3 ('''&#8225;'''), où la double précision n'est pas disponible pour AVX512.

Revision as of 19:39, 4 November 2022

Information about message (contribute)
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Message definition (GROMACS)
'''Notes:'''
* [[File:Warning sign 16px.png|frameless|warning]] GROMACS versions 2020.0 up to and including 2021.5 contain a bug when used on GPUs of Volta or newer generations (i.e. V100, T4 and A100) with <code>mdrun</code> option <code>-update gpu</code> that could have perturbed the virial calculation and, in turn, led to incorrect pressure coupling. The GROMACS developers state in the 2021.6 Release Notes:<ref>"Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [https://manual.gromacs.org/2021.6/release-notes/2021/2021.6.html#fix-missing-synchronization-in-cuda-update-kernels]</ref> <blockquote>''The GPU update is not enabled by default, so the error can only appear in simulations where it [the <code>-update gpu</code> option] was manually selected, and even in this case the error might be rare since we have not observed it in practice in the testing we have performed.''</blockquote> Further discussion of this bug can be found in the GitLab issue #4393 of the GROMACS project.<ref>Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4393]</ref>
* Version 2020.4 and newer have been compiled for the new [[Standard software environments|Standard software environment]] <code>StdEnv/2020</code>.
* Version 2018.7 and newer have been compiled with GCC compilers and the MKL-library, as they run a bit faster.
* Older versions have been compiled with either with GCC compilers and FFTW or Intel compilers, using Intel MKL and Open MPI 2.1.1 libraries from the default environment as indicated in the table above.
* CPU (non-GPU) versions are available in both single- and double precision, with the exception of 2019.3 ('''&#8225;'''), where double precision not available for AVX512.

Notes:

  • * warning Les versions 2020.0 jusqu'à 2021.5 inclusivement contiennent un bogue quand elles sont utilisées avec des GPU de génération Volta ou plus récentes (V100, T4 et A100) avec l'option -update gpu de mdrun qui aurait pu perturber le calcul viriel et ainsi fausser le raccord de pression. Dans les notes de mise à jour de la version 2021.6 on peut lire :[1]

    >[traduction libre] La mise à jour n'est pas activée par défaut sur le GPU et donc l'erreur ne peut se produire que dans les simulations où l'option -update gpu a été explicitement sélectionnée; même dans ce cas, l'erreur peut être rare car nous ne l'avons pas observée en pratique dans les tests que nous avons effectués.

    Vous trouverez plus d'information dans GitLab, au sujet #4393 du projet GROMACS.[2]
  • Les versions depuis 2020.4 ont été compilées pour l'environnement logiciel standard StdEnv/2020.
  • Les versions 2018.7 et suivantes ont été compilées avec les compilateurs GCC et la bibliothèque MKL puisqu’ils améliorent légèrement la performance.
  • Les versions antérieures ont été compilées avec soit des compilateurs GCC et FFTW, soit avec des compilateurs Intel MKL avec des bibliothèques Open MPI 2.1.1 à partir de l'environnement par défaut, comme indiqué dans le tableau ci-dessus.
  • Les versions CPU (non GPU) sont disponibles en simple et double précisions à l'exception de 2019.3 (‡), où la double précision n'est pas disponible pour AVX512.
  1. ↑ "Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [1]
  2. ↑ Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [2]

GNU Compiler Collection, an open source compiler collection

Intel Math Kernel Library, a software library of optimized math routines

Message Passing Interface

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