VirSorter2/fr

L'outil VirSorter2 permet d’identifier les nouvelles séquences de virus.

Nous abordons ici l’installation et l’utilisation de VirSorter2 v2.2.4.

Le code source et la documentation pour VirSorter2 se trouvent sur leur page GitHub.

N’oubliez pas de citer VirSorter2 si vous l’utilisez pour vos analyses.

Installation dans un environnement virtuel Python

Les étapes ci-dessous servent à installer VirSorter2 dans votre répertoire $HOME avec nos wheels Python préconstruits. Les wheels personnalisés se trouvent dans /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/. Pour installer un wheel VirSorter2 dans un [[Python/fr#Créer_et_utiliser_un_environnement_virtuel_Python environnement virtuel Python, nous utilisons la commande pip.

1. Load the necessary modules.

[name@server ~]$ module load python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3

2. Create and activate a Python virtual environment.

[name@server ~]$ virtualenv --no-download ~/ENV_virsorter
[name@server ~]$ source ~/ENV_virsorter/bin/activate

3. Install VirSorter2 v2.2.4 in the virtual environment.

(ENV_virsorter) [name@server ~] pip install --no-index --upgrade pip
(ENV_virsorter) [name@server ~] pip install --no-index virsorter==2.2.4

4. Validate it.

(ENV_virsorter) [name@server ~] virsorter -h

5. Freeze the environment and requirements set.

(ENV_virsorter) [name@server ~] pip freeze > ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt

6. Download the database in $SCRATCH with the --skip-deps-install option to bypass conda installation and also because dependencies are already installed.

(ENV_virsorter) [name@server ~] virsorter setup --db-dir $SCRATCH/db -j 4 --skip-deps-install

Tester VirSorter2

0. Désactivez votre environnement virtuel.

[name@server ~]$ deactivate

1. Download the test dataset in $SCRATCH.

[name@server ~]$ wget -O $SCRATCH/test.fa https://raw.githubusercontent.com/jiarong/VirSorter2/master/test/8seq.fa

2. Create a submission script

File : test-virsorter.sh

#!/bin/bash
</div>

#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
#SBATCH --cpus-per-task=2

<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Load modules dependencies
module load python/3.8 hmmer/3.3.2 prodigal/2.6.3
</div>

<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Generate your virtual environment in $SLURM_TMPDIR
virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/ENV
source $SLURM_TMPDIR/ENV/bin/activate
pip install --no-index --upgrade pip
</div>

<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Install VirSorter2 and its dependencies
pip install --no-index -r ~/virsorter-2.2.4-requirements.txt
</div>

<div lang="en" dir="ltr" class="mw-content-ltr">
# Run VirSorter2 with the test dataset, using at most $SLURM_CPUS_PER_TASK and ignore conda.
# The database must already exist and you must specify its location.
virsorter run -w $SCRATCH/test.out -i $SCRATCH/test.fa --min-length 1500 -j $SLURM_CPUS_PER_TASK --verbose --use-conda-off --db-dir $SCRATCH/db all

3. Start an interactive job.

[name@server ~]$ salloc --mem-per-cpu=2G --cpus-per-task=2 --account=<your-account>

salloc: Granted job allocation 1234567
$ bash test-virsorter.sh             # Run the submission script
$ exit                               # Terminate the allocation
salloc: Relinquishing job allocation 1234567

Upon a successful test run, you can submit a non-interactive job with your own dataset using sbatch.