Niagara/fr

Disponibilité prévue : Tests et configuration en mars 2018. Disponibilité en avril 2018 des ressources allouées dans le cadre du concours 2018.

Niagara est une grappe homogène propriété de l'Université de Toronto et opérée par SciNet. Capable d'accommoder les tâches parallèles de 1024 cœurs et plus, elle est conçue pour gérer efficacement des débits intensifs générés par une variété d'applications scientifiques à hauts volumes de données. Ses fonctions de réseau et de stockage offrent des performances excellentes et une grande capacité. Niagara démontre en plus une efficacité énergétique appréciable.

En général, l'environnement est semblable à celui de Cedar ou Graham. En date de février 2018, le travail de configuration est toujours en cours et les directives particulières d'utilisation restent à venir.

Cette grappe fait partie des ressources allouées dans le cadre du concours 2018; les allocations entrent en vigueur le 4 avril 2018.

Vidéo ː Présentation de Niagara au SciNet User Group Meeting du 14 février 2018

Vidéo ː Installation du matériel

Spécifications techniques

• 1500 nœuds avec chacun 40 cœurs Skylake 2.4GHz d'Intel, pour un total de 60 000 cœurs
• mémoire vive de 202Go (188 Gio) par nœud
• réseau InfiniBand EDR (Enhanced Data Rate) à topologie dite Dragonfly+
• espace scratch de 5Po, espace projet de 5+2Po (système de fichiers parallèle Spectrum Scale d'IBM, autrefois connu sous l'appellation GPFS)
• tampon de mémoire en rafale (burst buffer) de 256To, Excelero + Spectrum Scale d'IBM
• aucun disque local
• Rpeak de 4.61Pflops
• Rmax de 3.0Pflops
• consommation électrique 685 kW

Stockage

espace home système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)	emplacement des répertoires home disponible par la variable d'environnement $HOME chaque répertoire home a un petit quota fixe non alloué, quantité standard pour chaque utilisateur (utiliser espaces scratch ou projet pour plus de stockage) copies de sauvegarde quotidienne
espace scratch volume total 5Po système de fichiers parallèle (Spectrum Scale d'IBM)	pour stockage (/scratch) actif ou temporaire (~ 80Go/s) disponible par la variable d'environnement $SCRATCH non alloué grand quota fixe par utilisateur et par groupe les données inactives sont purgées
mémoire tampon en rafale (burst buffer) volume total 256To système de fichiers parallèle extra haute performance (Excelero+Spectrum Scale d'IBM)	stockage rapide en cours d'exécution, 160Go/s, IOPS (input/output operations per second) très élevé purge très fréquente des données (peu de temps après la fin de la tâche) non alloué
espace projet volume total 3Po système de fichiers parallèle haute performance (Spectrum Scale d'IBM)	alloué via le concours d'allocation de ressources pour stockage actif avec peu de modifications de données et ensembles de données relativement fixes disponible par la variable d'environnement $PROJECT quota par utilisateur et par projet copie de sauvegarde
espace archive volume total 10Po stockage haute performance (HPSS d'IBM)	alloué via le concours d'allocation de ressources espace nearline disponible pour les grands jeux de données qui doivent utiliser des ressources autres que les systèmes de fichiers actifs disponible par la variable d'environnement $ARCHIVE grand quota fixe par groupe copie de sauvegarde en double sur bandes

Réseautique haute performance

Le réseau de Niagara est de type InfiniBand EDR (Enhanced Data Rate) à topologie dite Dragonfly̝+ de quatre ailes. Les ailes (375 nœuds chacune) possèdent des connecteurs 1-1. La communication entre les ailes se fait par routage adaptatif, évitant ainsi la congestion dans le réseau.

Caractéristiques des nœuds

• CPU : 2 sockets avec 20 cœurs Skylake d'Intel (2.4GHz, AVX512), pour un total de 40 cœurs par nœud
• Puissance de calcul : 3 TFlops (maximum théorique)
• Connexion réseau : 100Go/s EDR
• Mémoire vive : 202Go (188 Gio), soit un peu plus que 4Gio par cœur
• Disque local : aucun
• Système d'exploitation : Linux, CentOS 7

Ordonnancement

L'ordonnancement des tâches se fait avec Slurm et les commandes de base sont les mêmes qu'avec Cedar et Graham. Il faut cependant noter les différences suivantes ː

• L'ordonnancement se fait seulement par nœud; les tâches doivent toujours demander des multiples de 40 cœurs par tâche.
• Il n'est pas nécessaire et non recommandé de demander une quantité spécifique de mémoire; la quantité de mémoire est égale pour chacun des nœuds (202Go/188Gio moins la mémoire utilisée par le système d'exploitation)

Les détails d'utilisation seront communiqués dès que disponibles.

Logiciel

• Les logiciels sont installés à partir de modules.
• Les logiciels usuels sur les grappes de Calcul Canada ainsi que les logiciels spécifiques à Niagara seront disponibles.
• Contrairement aux grappes Cedar et Graham, aucun module ne sera chargé par défaut sur Niagara, ceci pour éviter les conflits de versions; une procédure de chargement simple sera mise en place.