Installation de logiciels dans votre répertoire /home
La plupart des logiciels utilisés par les chercheurs universitaires sont disponibles gratuitement sur Internet. Vous pouvez demander à Calcul Canada s'installer de tels logiciels que vous pourrez ensuite utiliser avec la commande module load (voir Utiliser les modules); pour ce faire, écrivez à support@calculcanada.ca en joignant l'adresse URL pour l'installation. Si les clauses de la licence et les exigences techniques le permettent, le logiciel sera habituellement disponible dans 24 à 48 heures ouvrables.
Vous avez le droit d'installer des logiciels dans votre propre espace projet ou dans votre espace home, par exemple pour
- apporter vous-même des modifications au code
- évaluer un produit avant le temps alloué pour l'installation par notre équipe (24 à 48 heures ouvrables).
Prenez connaissance des directives pour l'installation du logiciel. Il s'agit souvent des instructions décrites ci-après.
configure; make; make install
[nom@serveur ~]$ ./configure
[nom@serveur ~]$ make
[nom@serveur ~]$ make install
Cette syntaxe de commande est fréquemment utilisée, avec des variantes telles cmake . au lieu de ./configure et sudo make install au lieu de make install.
Ces instructions fonctionnent comme prévu à l'occasion, mais make install crée quelquefois un obstacle car le logiciel s'attend à pouvoir écrire dans /usr/local ou autre espace partagé du système de fichiers. La commande sudo make install causera toujours l'arrêt de la procédure parce que sudo exige les permissions d'administrateur (root). La solution consiste à placer un indicateur --prefix à l'étape configure pour que l'installation soit dirigée vers le répertoire de votre choix, par exemple
[nom@serveur ~]$ ./configure --prefix=/my/project/directory/some-package && make && make install
Si d'autres erreurs surviennent, contactez support@calculcanada.ca. Pour les détails, consultez les pages Make, Autotools et CMake.
BLAS/LAPACK et MKL
Pour plusieurs paquets logiciels, les librairies d'algèbre linéaire numérique BLAS ( -lblas) et LAPACK (-llapack) doivent être disponibles, ce qui n'est pas le cas pour les grappes de Calcul Canada puisque ces librairies sont intégrées à Math Kernel Library (MKL) d'Intel. Si vous utilisez un des compilateurs Intel (par exemple ifort, icc ou icpc), la solution est simple : il suffit d'ajouter au compilateur l'indicateur -mkl=sequential (sans parallélisation MKL interne) ou -mkl (avec parallélisation) ainsi que les options d’édition des liens pour faire en sorte que MKL et BLAS/LAPACK soient utilisés. Pour plus d'information, voyez Using the -mkl Compiler Option. Avec les compilateurs autres que ceux d'Intel, par exemple ceux de la collection Gnu, vous devrez lister explicitement les librairies MKL à l'étape des liens; vous pouvez utiliser l'outil d'Intel pour construire la syntaxe (voir Intel MKL Link Line Advisor).
apt-get et yum
Si le logiciel fait appel à apt-get ou yum, il est peu probable que vous puissiez l'installer avec ces instructions. Repérez les instructions to build from source ou contactez le soutien technique.
Paquets Python, R et Perl
Les langages Python, R, et Perl offrent d'importantes librairies d'extensions; presque toutes peuvent être facilement installées dans votre répertoire home. Consultez les pages Python, R et Perl pour savoir si le paquet dont vous avez besoin est disponible; si ce n'est pas le cas, vous trouverez aussi dans cette documentation l'information nécessaire pour l’installer par vous-même.
La pile logicielle de Calcul Canada
Le système de fichiers CVFMS (shared software distribution system) rend presque tous les logiciels disponibles sur les nouvelles grappes. Sous Linux, les logiciels seraient installés dans /usr/bin, /usr/include et ainsi de suite, alors que dans notre cas, ils sont installées de manière identique sur toutes les nouvelles grappes sous /cvmfs/soft.computecanada.ca.
Le module nixpkgs/16.09 est chargé par défaut et agit comme cœur pour la pile logicielle gérée par le gestionnaire de paquets Nic situé sous /cvmfs/soft.computecanada.ca/nix/var/nix/profiles/16.09.
Indiquez ce chemin avec la variable d'environnement $EBROOTNIXPKGS. À cet endroit se trouvent tous les paquets usuels fournis dans un environnement Linux, par make, ls, cat, grep. À la compilation d'un logiciel, le compilateur et l'éditeur de liens cherchent typiquement les fichiers d'entête et les librairies à l'endroit approprié (avec les variables d'environnement $CPATH et $LIBRARY_PATH respectivement).
Cependant, dans le cas de certains logiciels, /usr est explicitement indiqué; si c'est le cas, la compilation s'arrête et vous devrez spécifier $EBROOTNIXPKGS. Il faudra quelquefois ajuster un Makefile, passer un indicateur --with- via le script de compilation ou éditer un fichier de configuration. Si vous ne savez pas comment procéder, contactez le soutien technique.
De la même manière, si un paquet dépend d'une librairie provenant d'un module autre que nixpkgs, vous devrez peut-être spécifier où se trouvent les fichiers entête et les librairies du module. La norme EBROOT s'applique à tous les modules; la librairie HDF5 par exemple est installée dans $EBROOTHDF5, et ses sous-répertoires include et lib sont installés à l’exécution de module load hdf5.
If a header file or library that would usually be provided by an RPM or other package manager in a typical Linux distributon is neither present via nixpkgs or via another module, please let us know. Most likely it can be easily added to the existing stack.
Notes:
- all binaries under
/cvmfs/soft.computecanada.cause what is called a RUNPATH, which means that the directories for the runtime libraries that these binaries depend on are put inside the binary. That means it is generally *not* necessary to use$LD_LIBRARY_PATH. In fact,$LD_LIBRARY_PATHoverrides this runpath and you should not set that environment variable to locations such as/usr/lib64or$EBROOTNIXPKGS/lib. Many binaries will no longer work if you attempt this. - if you install precompiled binaries in your home directory (for example Miniconda) they may fail using errors such as
/lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found. Often such binaries can be patched using oursetrpaths.shscript, using the syntaxsetrpaths.sh --path path [--add_origin]where path refers to the directory where you installed that software. This script will make sure that the binaries use the correct interpreter, and search for the libraries they are dynamically linked to in the correct folder. The option--add_originwill also add $ORIGIN to the RUNPATH. This is sometimes helpful if the library cannot find other libraries in the same folder as itself. - if all else fails you can use
module --force purgeto remove the CVMFS environment. You are then left with a bare-bones CentOS-7 installation without modules. This may help for special situations such as compiling GCC yourself or using custom toolchains such as the MESA SDK. Purging modules would then only be necessary when you compile such software; the modules can be reloaded when running it.