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QIIME/fr: Difference between revisions
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'''Note : Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.''' | '''Note : Depuis février 2020, il n'est pas possible d'installer QIIME avec Anaconda ou Miniconda en raison de plusieurs problèmes dus aux environnements Conda.''' | ||
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==Installation == | ==Installation == | ||
L’installation peut se faire en utilisant [[Singularity/fr|Singularity]] ou EasyBuild. Il est préférable d'utiliser Singularity pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire ''home'', ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | L’installation peut se faire en utilisant [[Singularity/fr|Singularity]] ou EasyBuild. Il est préférable d'utiliser Singularity pour éviter que plusieurs milliers de fichiers soient générés dans votre répertoire ''home'', ce qui risquerait de dépasser le quota sur le nombre de fichiers. | ||
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=== Utilisation avec Singularity === | === Utilisation avec Singularity === | ||
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Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | Les développeurs de QIIME2 publient des images sur [https://quay.io/organization/qiime2 Quay.io]. | ||
Pour utiliser ces images avec les ressources de Calcul Canada, il faut d'abord [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créer une image Singularity]] comme suit : | Pour utiliser ces images avec les ressources de Calcul Canada, il faut d'abord [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créer une image Singularity]] comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
|module load | |module load apptainer | ||
| | |apptainer build qiime2-2021.11.sif docker://quay.io/qiime2/core:2021.11 | ||
}} | }} | ||
Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2021.11.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | Cette étape du build pourrait prendre plus d'une heure, mais il ne faut l'effectuer qu'une seule fois. Sauvegardez le fichier image (dans notre exemple <code>qiime2-2021.11.sif</code>) pour pouvoir le réutiliser plus tard. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Singularity/fr|page Singularity]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>singularity exec</code> comme suit : | Exécutez ensuite votre programme comme décrit dans la [[Singularity/fr|page Singularity]]. De façon générale, chaque commande QIIME est exécutée dans un énoncé <code>singularity exec</code> comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
| | |apptainer exec qiime2-2021.11.sif <your QIIME command> | ||
}} | }} | ||
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#SBATCH --account=def-someuser | #SBATCH --account=def-someuser | ||
apptainer exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | |||
-B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime tools import --type 'FeatureData[Sequence]' \ | qiime tools import --type 'FeatureData[Sequence]' \ | ||
| Line 40: | Line 48: | ||
--output-path /outputs/some_output_feature.qza | --output-path /outputs/some_output_feature.qza | ||
apptainer exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | |||
-B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime tools import \ | qiime tools import \ | ||
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--output-path /outputs/some_output_ref-taxonomy.qza | --output-path /outputs/some_output_ref-taxonomy.qza | ||
apptainer exec -B $PWD:/home -B /scratch/someuser:/outputs \ | |||
-B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | -B /projects/def-somePI/someuser/path/to/inputs:/inputs qiime2-2021.11.sif \ | ||
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ | qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ | ||
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</pre> | </pre> | ||
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Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Singularity/fr#Bind_mount|bind]] (<tt>-B</tt>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=kYb0aXS5DEE webinaire Singularity]. | Notez qu'il est important d'utiliser l'option [[Singularity/fr#Bind_mount|bind]] (<tt>-B</tt>) avec chacun des répertoires avec lesquels vous voulez travailler quand des programmes sont exécutés dans votre conteneur. Pour plus d'information, voyez le [https://www.youtube.com/watch?v=kYb0aXS5DEE webinaire Singularity]. | ||
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La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | ||
<pre> | <pre> | ||
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</pre> | </pre> | ||
Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Singularity, comme suit : | Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Singularity, comme suit : | ||
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{{Commands | {{Commands | ||
|export TZ{{=}}'UTC' | |export TZ{{=}}'UTC' | ||
| | |apptainer exec qiime2-2021.11.sif qiime tools import ... | ||
}} | }} | ||