Dalton
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Introduction
Le noyau de la suite logicielle Dalton2016 est constitué de deux puissantes applications pour l'étude des structures électroniques de molécules : Dalton et LSDalton. Ensemble, ces applications offrent des fonctionnalités étendues pour le calcul des propriétés moléculaires aux niveaux théoriques HF, DFT, MCSCF et CC. Plusieurs de ses propriétés sont uniques à la suite Dalton2016.
- site web du projet : http://daltonprogram.org/
- documentation : http://daltonprogram.org/documentation/
- forum : http://forum.daltonprogram.org/
Modules
$ module load nixpkgs/16.09 intel/2016.4 openmpi/2.0.2 dalton/2017-alpha
Remarquez que dalton/2017-alpha dépend d’une version OpenMPI autre que la version par défaut. Pour de l’information sur la commande module voyez Utiliser des modules.
Utilisation
Voici un exemple ː
- fichier d'entrée :
dft_rspexci_nosym.dal(voir les exemples ci-dessous) - spécification de la molécule :
H2O_cc-pVDZ_nosym.mol(voir les exemples ci-dessous) - To use the atomic basis set installed with the program, supply the option
-b ${BASLIB}. - pour définir le nombre de processus avec une option en ligne de commande ou une variable d’environnement :
- ajoutez l’option
-N ${SLURM_NTASKS}en ligne de commande pour le lanceur (voir Script 1 dans les exemples ci-dessous) - ou
export DALTON_NUM_MPI_PROCS=${SLURM_NTASKS}(voir Script 2 dans les exemples ci-dessous).
- ajoutez l’option
pour exécuter Dalton, chargez le module et utilisez le lanceur dalton.
dalton -b ${BASLIB} -N ${SLURM_NTASKS} -dal dft_rspexci_nosym.dal -mol H2O_cc-pVDZ_nosym.mol
ou
export DALTON_NUM_MPI_PROCS=${SLURM_NTASKS}
dalton -b ${BASLIB} -dal dft_rspexci_nosym.dal -mol H2O_cc-pVDZ_nosym.mol
Exemples de script et de fichier d’entrée
Exemple 1: dft_rspexci_nosym
File : dft_rspexci_nosym.dal
**DALTON INPUT
.RUN RESPONSE
**INTEGRALS
.PROPRINT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
**RESPONSE
*LINEAR
.SINGLE RESIDUE
.ROOTS
3
**END OF DALTON INPUT
File : H2O_cc-pVDZ_nosym.mol
BASIS
cc-pVDZ
H2O
2 0
8. 1
O 0.0 0.0000000000 0.0
1. 2
H1 1.430 0.0 1.1
H2 -1.430 0.0 1.1
File : run_dalton_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --time=00-30:00
# Load the module:
module load nixpkgs/16.09 intel/2016.4 openmpi/2.0.2 dalton/2017-alpha
# Setting the variables:
dltonlaun=dalton
dltonexec=dalton.x
daltoninput=dft_rspexci_nosym.dal
daltonmol=H2O_cc-pVDZ_nosym.mol
echo "Starting run at: `date`"
echo "Running the example: INPUT=${daltoninput} - Molecule=${daltonmol}"
${dltonlaun} -b ${BASLIB} -N ${SLURM_NTASKS} -dal ${daltoninput} -mol ${daltonmol}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"
File : run_dalton_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --time=00-30:00
# Load the module:
module load nixpkgs/16.09 intel/2016.4 openmpi/2.0.2 dalton/2017-alpha
# Setting the variables:
dltonlaun=dalton
dltonexec=dalton.x
daltoninput=dft_rspexci_nosym.dal
daltonmol=H2O_cc-pVDZ_nosym.mol
# Set the number of cores DALTON_NUM_MPI_PROCS to ${SLURM_NTASKS}
export DALTON_NUM_MPI_PROCS=${SLURM_NTASKS}
echo "Starting run at: `date`"
echo "Running the example: INPUT=${daltoninput} - Molecule=${daltonmol}"
${dltonlaun} -b ${BASLIB} -dal ${daltoninput} -mol ${daltonmol}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"
Example 2: dft_rspexci_sym.dal
File : dft_rspexci_sym.dal
**DALTON INPUT
.RUN RESPONSE
**INTEGRALS
.PROPRINT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
**RESPONSE
*LINEAR
.SINGLE RESIDUE
**END OF DALTON INPUT
File : H2O_cc-pVDZ_sym.mol
BASIS
cc-pVDZ
H2O
2
8. 1
O 0.0 0.0000000000 0.0
1. 2
H1 1.430 0.0 1.1
H2 -1.430 0.0 1.1
File : run_dalton_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --time=00-30:00
# Load the module:
module load nixpkgs/16.09 intel/2016.4 openmpi/2.0.2 dalton/2017-alpha
# Setting the variables:
dltonlaun=dalton
dltonexec=dalton.x
daltoninput=dft_rspexci_sym.dal
daltonmol=H2O_cc-pVDZ_sym.mol
echo "Starting run at: `date`"
echo "Running the example: INPUT=${daltoninput} - Molecule=${daltonmol}"
${dltonlaun} -b ${BASLIB} -N ${SLURM_NTASKS} -dal ${daltoninput} -mol ${daltonmol}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"
File : run_dalton_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=3500M
#SBATCH --time=00-30:00
# Load the module:
module load nixpkgs/16.09 intel/2016.4 openmpi/2.0.2 dalton/2017-alpha
# Setting the variables:
dltonlaun=dalton
dltonexec=dalton.x
daltoninput=dft_rspexci_sym.dal
daltonmol=H2O_cc-pVDZ_sym.mol
# Set the number of cores DALTON_NUM_MPI_PROCS to ${SLURM_NTASKS}
export DALTON_NUM_MPI_PROCS=${SLURM_NTASKS}
echo "Starting run at: `date`"
echo "Running the example: INPUT=${daltoninput} - Molecule=${daltonmol}"
${dltonlaun} -b ${BASLIB} -dal ${daltoninput} -mol ${daltonmol}
echo "Program finished with exit code $? at: `date`"