Gaussian
- See also: Gaussian error messages
Gaussian est une application de chimie computationnelle produite par Gaussian, Inc..
Limites de la licence
Gaussian est présentement disponible sur Graham, Cedar et certains systèmes installés avant 2016.
Pour utiliser l'application, vous devez accepter certaines conditions. Copiez les énoncés suivants dans un courriel et faites-le parvenir au soutien technique .
- Vous ne faites pas partie d'un groupe de recherche qui développe une application concurrente.
- Vous ne copierez pas Gaussian ni ne rendrez l'application disponible à un tiers.
- Vous ferez mention comme il se doit de Gaussian Inc. et de Calcul Canada dans toute publication.
- Vous nous informerez de toute modification aux conditions précitées.
Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian.
Utiliser Gaussian sur Graham et Cedar
Les versions g16.b01, g16.a03, g09.e01 et g03.d01 sont installées sur Graham et Cedar et sont disponibles via des modules. NBO6 est disponible avec g16.b01 et G09.e01. Chargez la version que vous voulez utiliser comme indiqué dans le script mysub.sh ci-dessous.
Soumettre des tâches
Les grappes nationales utilisent l'ordonnanceur Slurm; pour des renseignements sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.
En plus du fichier d'entrée name.com, vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée.
Il y a deux options pour les tâches Gaussian sur Graham et Cedar, selon la localisation des fichiers d'exécution par défaut et la taille de la tâche :
Option 1 : G16 (G09, G03)
Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans /scratch/username/jobid/ et demeurent dans ce répertoire si la tâche n'est pas terminée ou si elle a échoué. Le fichier .rwf peut y être récupéré pour redémarrer la tâche plus tard.
Voici un exemple d'un script G16.
Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).
#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00 # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.b01
G16 name.com # G16 command, input: name.com, output: name.log
Pour utiliser Gaussian 09 ou Gaussian 03, remplacez gaussian/g16.b01 par gaussian/g09.e01 ou gaussian/g03.d01 et remplacez G16 par G09 ou G03. Modifiez --mem, --time, --cpus-per-task selon vos besoins en ressources de calcul.
Option 2 : g16 (g09, g03)
Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés temporairement dans $SLURM_TMPDIR (/localscratch/username.jobid.0/) dans le nœud de calcul où la tâche devait être exécutée. L'ordonnanceur supprime les fichiers quand la tâche est terminée avec ou sans succès. Vous pouvez utiliser cette option si vous n'aurez pas besoin du fichier .rwf pour redémarrer la tâche plus tard.
/localscratch est d'environ 800Go, partagés par toutes les tâches exécutées sur le même nœud. Si la taille de vos fichiers est semblable ou plus grande, utilisez plutôt l'option G16 (G09, G03).
Voici un exemple d'un script g16.
Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).
#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00 # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.b01
g16 < name.com >& name.log # g16 command, input: name.com, output: name.log by default
Soumettez la tâche
sbatch mysub.sh
Tâches interactives
Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham et Cedar à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec salloc pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire.
[name@server ~]$ salloc --time=1:0:0 --cpus-per-task=8 --mem=10g
Puis, utilisez
[name@server ~]$ module load gaussian/g16.b01
[name@server ~]$ G16 g16_test2.com # G16 saves runtime file (.rwf etc.) to /scratch/yourid/93288/
ou
[name@server ~]$ module load gaussian/g16.b01
[name@server ~]$ g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log & # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/
Exemples
Un exemple de fichier d'entrée et de scripts *.sh se trouve dans
/opt/software/gaussian/version/examples/
où la version est g03.d10, g09.e01, g16.a03 ou g16.b01.
Erreurs
Vous trouverez la solution à plusieurs erreurs dans Gaussian – Messages d’erreur.