QIIME

QIIME (pronounced chime) stands for Quantitative Insights Into Microbial Ecology, is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on Illumina or other platforms to publication-quality graphics and statistics. This includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, phylogenetic reconstruction, diversity analyses and visualizations. QIIME has been applied to studies based on billions of sequences from tens of thousands of samples.

NOTE : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.

Installation

L’installation peut se faire dans votre répertoire home avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec pip.

La procédure d’installation est différente selon que vous êtes ou non dans un environnement conda.

Dans un environnement conda

Il n’est pas recommandé d’utiliser un environnement conda en raison des problèmes fréquents qu’il cause en sur un système de CHP, mais vous pouvez quand même le faire, sachant toutefois que vous vous exposez à des risques.

General installation instructions by the QIIME 2 developers are found here. Instructions adapted for Compute Canada systems are given here for version 2019.7. If a new version of the .yml file is released (check the link), use the newer version by updating the instructions below.

eb Miniconda3-4.5.12.eb
module load miniconda3
conda update conda
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
conda init bash
conda activate qiime2-2019.7

Après l’étape conda init bash, n’oubliez pas de terminer votre session puis de vous connecter à nouveau.

To run QIIME 2, use

module load miniconda3
conda activate qiime2-2019.7

Without a conda environment (preferred)

Since we know that conda environments can create more problems that they solve in HPC systems, we provide EasyBuild packages that can be used with the eb command. To install version 2019.7, use

eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb 

This takes a while, but will provide you with the qiime/2019.7 module that you need to load before using QIIME 2.

module load qiime2/2019.7

References

QIIME homepage
EasyBuild documentation
Getting started with Conda