QIIME
QIIME (pronounced chime) stands for Quantitative Insights Into Microbial Ecology, is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on Illumina or other platforms to publication-quality graphics and statistics. This includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, phylogenetic reconstruction, diversity analyses and visualizations. QIIME has been applied to studies based on billions of sequences from tens of thousands of samples.
NOTE : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.
Installation
L’installation peut se faire dans votre répertoire home avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec pip.
La procédure d’installation est différente selon que vous êtes ou non dans un environnement conda.
Dans un environnement conda
Il n’est pas recommandé d’utiliser un environnement conda en raison des problèmes fréquents qu’il cause en sur un système de CHP, mais vous pouvez quand même le faire, sachant toutefois que vous vous exposez à des risques.
QIIME 2 fournit des directives générales pour l’installation. Vous trouverez ci-dessous la procédure d’installation de la version 2019.7, adaptée pour les ordinateurs de Calcul Canada. Lorsqu’une nouvelle version du fichier .yml est disponible (voir les directives générales), utilisez cette nouvelle version en modifiant cette procédure :
eb Miniconda3-4.5.12.eb module load miniconda3 conda update conda wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml conda init bash conda activate qiime2-2019.7
Après l’étape conda init bash, n’oubliez pas de terminer votre session puis de vous connecter à nouveau.
Lancez QIIME 2 avec
module load miniconda3 conda activate qiime2-2019.7
Sans environnement conda (préférable)
Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez
eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb
Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec
module load qiime2/2019.7