Star-CCM+

STAR-CCM+ est une suite logicielle de simulation utilisée dans plusieurs spécialités de génie. Elle permet la modélisation dans des domaines variés dont l'acoustique, la dynamique des fluides, le transfert thermique, la rhéologie, l'écoulement polyphasique, le flux de particules, la mécanique des solides, les fluides réactifs, l'électrochimie et l'électromagnétisme.

Limites de la licence

Les binaires STAR-CCM+ sont installés sur nos serveurs, mais nous n'avons pas de licence pour nos utilisateurs; ceux-ci doivent donc posséder leur propre licence.

Utilisation de votre propre serveur de licence

Afin de configurer votre compte pour utiliser votre propre serveur de licence avec le module Star-CCM+ de Calcul Canada, créez le fichier de licence $HOME/.licenses/starccm.lic qui contient

File : starccm.lic

SERVER IP ANY PORT
USE_SERVER

où IP et PORT sont l'adresse IP et le port de votre serveur de licence.

Soumettre des tâches en lot sur nos grappes

Sélectionnez l’un des modules disponibles, selon vos besoins :

• starccm pour le format double précision,
• starccm-mixed pour le format précision mixte.

Deux distributions MPI peuvent être employées :

• IBM Platform MPI est employée par défaut, mais n’est cependant pas compatible avec le réseau OmniPath sur Cedar;
• Intel MPI est indiquée avec l'option -mpi intel.

Étant donné que ces implémentations MPI ne sont pas complètement intégrées avec l’ordonnanceur Slurm, il faut préparer un fichier contenant la liste des serveurs que vous voulez utiliser. Pour ce faire, vous pouvez utiliser le script slurm_hl2hl.py qui, lancé avec l’option --format STAR-CCM+ fournira cette liste; copiez la liste dans un fichier qui pourra ensuite être lu par STAR-CCM+. En raison de l’intégration limitée de MPI avec Slurm, il faut aussi utiliser les options --ntasks-per-node=1 et --cpus-per-task=32 lorsque vous soumettez vos tâches. En particulier, quand vous soumettez une tâche sur Cedar avec les modules de la version 14.02.012, vous devez ajouter -fabric psm2 à la ligne de commande de starccm+ (dernière ligne de l'exemple de script sous l'onglet Cedar ci-dessous) pour que les tâches sur plusieurs nœuds s'effectuent sans problème, autrement aucun résultat ne sera produit.

Vous devrez aussi configurer votre environnement pour l’utilisation de votre licence. Cette opération est plutôt simple si vous utilisez le serveur CD-adapco qui vous permet de payer uniquement pour votre consommation. Par contre, si vous utilisez un serveur de licence interne, contactez le soutien technique pour obtenir de l'aide.

Sur Niagara, les nœuds de calcul configurent le système de fichiers $HOME en lecture seule (read only). Il est donc important de définir la variable d'environnement $STARCCM_TMP et de la diriger vers $SCRATCH, ce qui est unique à la version de StarCCM+. Autrement, StarCCM+ tente de créer le répertoire dans $HOME et se termine de façon anormale.

GrahamCedarNiagara

File : starccm_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-group   # specify some account
#SBATCH --time=00-01:00       # Time limit: dd-hh:mm
#SBATCH --nodes=2             # Specify 1 or more nodes
#SBATCH --cpus-per-task=32    # Request all cores per node
#SBATCH --mem=0               # Request all memory per node
#SBATCH --ntasks-per-node=1   # Do not change this value

# Pick an appropriate STARCCM version and precision
# module load starccm/14.06.013-R8
module load starccm-mixed/14.06.013

export LM_PROJECT='YOUR CD-ADAPCO PROJECT ID GOES HERE'
export CDLMD_LICENSE_FILE="1999@flex.cd-adapco.com"

export STARCCM_TMP="${SCRATCH}/.starccm-${EBVERSIONSTARCCM}"
mkdir -p "$STARCCM_TMP"

slurm_hl2hl.py --format STAR-CCM+ > machinefile

NCORE=$((SLURM_NTASKS * SLURM_CPUS_PER_TASK))

starccm+ -power -np $NCORE -podkey $LM_PROJECT -licpath $CDLMD_LICENSE_FILE -machinefile $SLURM_SUBMIT_DIR/machinefile -batch /path/to/your/simulation/file

File : starccm_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-group   # specify some account
#SBATCH --time=00-01:00       # Time limit: dd-hh:mm
#SBATCH --nodes=2             # Specify 1 or more nodes
#SBATCH --cpus-per-task=48    # or 32 for smaller full nodes
#SBATCH --mem=0               # Request all memory per node
#SBATCH --ntasks-per-node=1   # Do not change this value

# Pick an appropriate STARCCM module/version and precision; 
# module load starccm/12.04.011-R8
module load starccm-mixed/14.06.013

export LM_PROJECT='YOUR CD-ADAPCO PROJECT ID GOES HERE'
export CDLMD_LICENSE_FILE="1999@flex.cd-adapco.com"

export STARCCM_TMP="${SCRATCH}/.starccm-${EBVERSIONSTARCCM}"
mkdir -p "$STARCCM_TMP"

slurm_hl2hl.py --format STAR-CCM+ > machinefile

NCORE=$((SLURM_NTASKS * SLURM_CPUS_PER_TASK))

starccm+ -power -np $NCORE -podkey $LM_PROJECT -licpath $CDLMD_LICENSE_FILE -machinefile `pwd`/machinefile -mpi intel -batch `pwd`/your-simulation-file.sim

File : starccm_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-group   # specify some account
#SBATCH --time=00-01:00       # Time limit: dd-hh:mm
#SBATCH --nodes=2             # Specify 1 or more nodes
#SBATCH --cpus-per-task=40    # or 80 to use HyperThreading
#SBATCH --mem=0               # Request all memory per node
#SBATCH --ntasks-per-node=1   # Do not change this value

cd $SLURM_SUBMIT_DIR

module purge --force
module load CCEnv
module load StdEnv
module load starccm/14.06.013-R8

export LM_PROJECT='YOUR CD-ADAPCO PROJECT ID GOES HERE'
export CDLMD_LICENSE_FILE="1999@localhost"
ssh nia-gw -L 1999:flex.cd-adapco.com:1999 -L 2099:flex.cd-adapco.com:2099 -N -f

export STARCCM_TMP="${SCRATCH}/.starccm-${EBVERSIONSTARCCM}"
mkdir -p "$STARCCM_TMP"

# ln -s $STARCCM_TMP $HOME  ### only the first time you run the script

slurm_hl2hl.py --format STAR-CCM+ > machinefile

NCORE=$((SLURM_NTASKS * SLURM_CPUS_PER_TASK))

starccm+ -power -np $NCORE -podkey $LM_PROJECT -machinefile $SLURM_SUBMIT_DIR/machinefile -batch /path/to/your/simulation/file

Visualisation à distance

Pour visualiser à distance sur les nœuds des grappes ou sur les nœuds VDI de Graham

• Setup your ~/.licenses/starccm.lic license file as described above
  
• PodKey users also set export LM_PROJECT='CD-ADAPCO PROJECT ID'

Next choose a system to use ...

Nœuds des grappes

o Avec les modules de Calcul Canada

Connectez-vous à un nœud de calcul ou à un nœud de connexion avec VNC/fr#Connexion TigerVNC
module load starccm-mixed (or starccm)
starccm+ -np 4 inputfile.sim

Nœuds VDI

o Avec les modules de Calcul Canada

Connectez-vous à gra-vdi avec VNC/fr#Connexion TigerVNC

o Using Gra-vdi local gpu enabled modules:

1. Connect to gra-vdi with TigerVNC
2. export CDLMD_LICENSE_FILE=~/.licenses/starccm.lic
3. module load SnEnv
4. module load starccm/mixed (or starccm/r8)
5. starccm+ -np 4 inputfile.sim

Message Passing Interface