MAFFT

MAFFT est un programme d'alignement de séquences multiples pour des systèmes d'exploitation comme Unix. Il offre plusieurs méthodes d'alignement dont (précis, pour l'alignement de <∼200 séquences), FFT-NS-2 (rapide, pour l'alignement de <∼30,000 séquences), etc.

Nœud unique

MAFFT profite de cœurs multiples sur des nœuds uniques; voir https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/multithreading.html.

Note: Au chargement du module, la variable d'environnement MAFFT_TMPDIR est fixée à $SLURM_TMPDIR/maffttmp.

File : mafft_submit.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --mem=0

module load gcc/9.3.0 mafft

mafft --globalpair --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input > output

Multiple nodes (MPI)

MAFFT can use MPI to align a large number of sequences: https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mpi.html

Note: MAFFT_TMPDIR is set to $SCRATCH/maffttmp when you load the module. If you change this temporary directory, it must be shared by all hosts.

File : mafft_mpi_submit.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=12G

module load gcc/9.3.0 mafft-mpi

srun mafft --mpi --large --globalpair --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input > output

Message Passing Interface