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Utiliser des modules: Difference between revisions
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Les serveurs de calcul de Calcul Canada peuvent exécuter la totalité des logiciels fonctionnant sous Linux. Dans le cas le plus simple, le logiciel dont vous avez besoin sera déjà installé sur l'un des serveurs de calcul. Il sera alors accessible sous la forme d'un '''module'''. Si ce n'est pas le cas, vous pouvez soit demander à notre équipe de l'installer pour vous, soit le faire vous-même. | Les serveurs de calcul de Calcul Canada peuvent exécuter la totalité des logiciels fonctionnant sous Linux. Dans le cas le plus simple, le logiciel dont vous avez besoin sera déjà installé sur l'un des serveurs de calcul. Il sera alors accessible sous la forme d'un '''module'''. Si ce n'est pas le cas, vous pouvez soit demander à notre équipe de l'installer pour vous, soit le faire vous-même. | ||
== Les modules == | == Les modules == <!--T:2--> | ||
Les modules sont des fichiers de configuration qui contiennent des instructions afin de modifier votre environnement logiciel. Cette architecture modulaire permet d'avoir plusieurs versions d'une même application installées sans que celles-ci entrent en conflit. Pour les nouveaux serveurs de Calcul Canada, les modules sont gérés par l'outil [https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod Lmod], développé au [https://www.tacc.utexas.edu/ TACC]. Cet outil remplace [http://modules.sourceforge.net ''Environment Modules''], qui est utilisé sur la plupart des anciens serveurs. Si vous êtes familier avec ce système, vous ne devriez pas être trop dépaysé, car ''Lmod'' a été conçu pour être très similaire à ''Environment Modules''. Référez-vous alors à la section [[#Lmod vs Environment Modules]] pour connaître les différences principales entre les deux systèmes. | Les modules sont des fichiers de configuration qui contiennent des instructions afin de modifier votre environnement logiciel. Cette architecture modulaire permet d'avoir plusieurs versions d'une même application installées sans que celles-ci entrent en conflit. Pour les nouveaux serveurs de Calcul Canada, les modules sont gérés par l'outil [https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod Lmod], développé au [https://www.tacc.utexas.edu/ TACC]. Cet outil remplace [http://modules.sourceforge.net ''Environment Modules''], qui est utilisé sur la plupart des anciens serveurs. Si vous êtes familier avec ce système, vous ne devriez pas être trop dépaysé, car ''Lmod'' a été conçu pour être très similaire à ''Environment Modules''. Référez-vous alors à la section [[#Lmod vs Environment Modules]] pour connaître les différences principales entre les deux systèmes. | ||
| Line 10: | Line 10: | ||
Un fichier module (« ''modulefile'' ») contient les informations nécessaires pour rendre disponible une application ou une bibliothèque dans la session de l'usager. Typiquement, un fichier module contient des instructions qui modifient ou initialisent les variables d'environnement, comme <tt>PATH</tt> et <tt>LD_LIBRARY_PATH</tt>, pour utiliser les différents logiciels installés. | Un fichier module (« ''modulefile'' ») contient les informations nécessaires pour rendre disponible une application ou une bibliothèque dans la session de l'usager. Typiquement, un fichier module contient des instructions qui modifient ou initialisent les variables d'environnement, comme <tt>PATH</tt> et <tt>LD_LIBRARY_PATH</tt>, pour utiliser les différents logiciels installés. | ||
=== Principales commandes de <tt>module</tt> === | === Principales commandes de <tt>module</tt> === <!--T:4--> | ||
La commande <tt>module</tt> a plusieurs sous-commandes. La syntaxe normale est | La commande <tt>module</tt> a plusieurs sous-commandes. La syntaxe normale est | ||
{{Commande|module commande [autres options]}} | {{Commande|module commande [autres options]}} | ||
| Line 18: | Line 18: | ||
{{Commande|module help}} | {{Commande|module help}} | ||
==== Sous-commande <tt>avail</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>avail</tt> ==== <!--T:6--> | ||
Pour lister les modules disponibles sur un système donné, utiliser | Pour lister les modules disponibles sur un système donné, utiliser | ||
{{Commande|module avail}} | {{Commande|module avail}} | ||
| Line 43: | Line 43: | ||
cela vous affichera la liste des options de module à charger afin d'accéder à cette version. | cela vous affichera la liste des options de module à charger afin d'accéder à cette version. | ||
==== Sous-commande <tt>list</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>list</tt> ==== <!--T:12--> | ||
La sous-commande '''<tt>list</tt>''' affiche les modules qui sont présentement chargés dans votre environnement. | La sous-commande '''<tt>list</tt>''' affiche les modules qui sont présentement chargés dans votre environnement. | ||
{{Commande|module list}} | {{Commande|module list}} | ||
==== Sous-commande <tt>load</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>load</tt> ==== <!--T:13--> | ||
La sous-commande '''<tt>load</tt>''' permet de charger un module donné. Par exemple | La sous-commande '''<tt>load</tt>''' permet de charger un module donné. Par exemple | ||
{{Commande|module load gcc/4.8}} | {{Commande|module load gcc/4.8}} | ||
| Line 60: | Line 60: | ||
Si vous chargez un module qui est incompatible avec un module déjà chargé, Lmod vous indiquera qu'il a remplacé l'ancien module par le nouveau. Ceci peut se produire en particulier pour des compilateurs et des implémentations MPI. | Si vous chargez un module qui est incompatible avec un module déjà chargé, Lmod vous indiquera qu'il a remplacé l'ancien module par le nouveau. Ceci peut se produire en particulier pour des compilateurs et des implémentations MPI. | ||
==== Sous-commande <tt>unload</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>unload</tt> ==== <!--T:16--> | ||
Pendant de la sous-commande '''<tt>load</tt>''', la sous-commande '''<tt>unload</tt>''' enlève un module de votre environnement. Par exemple | Pendant de la sous-commande '''<tt>load</tt>''', la sous-commande '''<tt>unload</tt>''' enlève un module de votre environnement. Par exemple | ||
{{Commande|module unload gcc/4.8}} | {{Commande|module unload gcc/4.8}} | ||
| Line 68: | Line 68: | ||
Si certains modules dépendaient de ce compilateur, Lmod vous indiquera qu'ils ont été désactivés. | Si certains modules dépendaient de ce compilateur, Lmod vous indiquera qu'ils ont été désactivés. | ||
==== Sous-commande <tt>purge</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>purge</tt> ==== <!--T:18--> | ||
La sous-commande '''<tt>purge</tt>''' permet d'enlever d'un seul coup tous les modules que vous avez chargés. | La sous-commande '''<tt>purge</tt>''' permet d'enlever d'un seul coup tous les modules que vous avez chargés. | ||
{{Commande|module purge}} | {{Commande|module purge}} | ||
| Line 75: | Line 75: | ||
Certains modules peuvent être marqués comme ''sticky'' (permanent) par les administrateurs système. Ces derniers ne seront pas enlevés. | Certains modules peuvent être marqués comme ''sticky'' (permanent) par les administrateurs système. Ces derniers ne seront pas enlevés. | ||
==== Sous-commandes <tt>show</tt>, <tt>help</tt> et <tt>whatis</tt> ==== | ==== Sous-commandes <tt>show</tt>, <tt>help</tt> et <tt>whatis</tt> ==== <!--T:20--> | ||
Les sous-commandes '''<tt>show</tt>''', '''<tt>help</tt>''' et '''<tt>whatis</tt>''' permettent d'avoir de l'information supplémentaire sur un module donné. La sous-commande '''<tt>show</tt>''' affiche l'intégralité du module, la commande '''<tt>help</tt>''' affiche un message d'aide, et la commande '''<tt>whatis</tt>''' montre une description du module. | Les sous-commandes '''<tt>show</tt>''', '''<tt>help</tt>''' et '''<tt>whatis</tt>''' permettent d'avoir de l'information supplémentaire sur un module donné. La sous-commande '''<tt>show</tt>''' affiche l'intégralité du module, la commande '''<tt>help</tt>''' affiche un message d'aide, et la commande '''<tt>whatis</tt>''' montre une description du module. | ||
{{Commande|module help gcc/4.8}} | {{Commande|module help gcc/4.8}} | ||
==== Sous-commande <tt>apropos</tt> ou <tt>keyword</tt> ==== | ==== Sous-commande <tt>apropos</tt> ou <tt>keyword</tt> ==== <!--T:21--> | ||
Les sous-commandes <tt>apropos</tt> ou <tt>keyword</tt> permettent de chercher un mot-clé dans la totalité des modules. Si vous ne savez pas quel module est approprié pour réaliser votre calcul, vous pouvez ainsi chercher dans les descriptions. | Les sous-commandes <tt>apropos</tt> ou <tt>keyword</tt> permettent de chercher un mot-clé dans la totalité des modules. Si vous ne savez pas quel module est approprié pour réaliser votre calcul, vous pouvez ainsi chercher dans les descriptions. | ||
=== Chargement automatique des modules === | === Chargement automatique des modules === <!--T:22--> | ||
Nous vous '''déconseillons de charger des modules automatiquement dans votre .bashrc'''. Nous vous recommandons plutôt de charger les modules nécessaire au besoin, par exemple dans vos scripts de tâches. Afin de faciliter le chargement d'un grand nombre de modules, nous vous recommandons d'utiliser une collection de modules. | Nous vous '''déconseillons de charger des modules automatiquement dans votre .bashrc'''. Nous vous recommandons plutôt de charger les modules nécessaire au besoin, par exemple dans vos scripts de tâches. Afin de faciliter le chargement d'un grand nombre de modules, nous vous recommandons d'utiliser une collection de modules. | ||