BEAST: Difference between revisions

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</translate>
</translate>
<tabs>
<tabs>
<tab name="Beast &ge; 2.5.x" >
  $ module load beast/2.5.1
  $ packagemanager -list
  Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
  --------------------------------------------------------------------------
  BEAST  | 2.5.1              | 2.5.0          |              | BEAST core
  --------------------------------------------------------------------------
  bacter  | NA                  | 2.2.0          |              | Bacterial ARG inference.
  BADTRIP | NA                  | 1.0.0          |              | Infer transmission time for [...]
  [...]
  SNAPP  | NA                  | 1.4.1          |              | SNP and AFLP Phylogenies
  [...]
   
  $ packagemanager -add SNAPP
  Package SNAPP is installed in ~/.beast/2.5/SNAPP.
 
  $ packagemanager -list
  Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
  --------------------------------------------------------------------------
  BEAST  | 2.5.1              | 2.5.0          |              | BEAST core
  --------------------------------------------------------------------------
  bacter  | NA                  | 2.2.0          |              | Bacterial ARG inference.
  BADTRIP | NA                  | 1.0.0          |              | Infer transmission time for [...]
  [...]
  SNAPP  | 1.4.1              | 1.4.1          |              | SNP and AFLP Phylogenies
  [...]
</tab>
<tab name="Beast &le; 2.4.x">
<tab name="Beast &le; 2.4.x">
   $ module load beast/2.4.0
   $ module load beast/2.4.0
   $ addonmanager -list
   $ addonmanager -list
   Name           | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
   Name   | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
   ------------------------------------------------------------------------------------
   ---------------------------------------------------------------------------
   BEAST           | 2.4.0              | 2.4.8          |               | BEAST core
   BEAST   | 2.4.0              | 2.4.8          |             | BEAST core
   ------------------------------------------------------------------------------------
   ---------------------------------------------------------------------------
   bacter         | not installed      | 1.2.3          |               | Bacterial ARG inference.
   bacter | not installed      | 1.2.3          |             | Bacterial ARG inference.
   BASTA           | not installed      | 2.3.2          |               | Bayesian structured coalescent approximation
   BASTA   | not installed      | 2.3.2          |             | Bayesian structured coalescent approximation
   [...]
   [...]
   SNAPP           | not installed      | 1.3.0          |               | SNP and AFLP Phylogenies
   SNAPP   | not installed      | 1.3.0          |             | SNP and AFLP Phylogenies
   [...]
   [...]
    
    
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   $ addonmanager -list
   $ addonmanager -list
   Name           | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
   Name   | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
   ------------------------------------------------------------------------------------
   ---------------------------------------------------------------------------
   BEAST           | 2.4.0              | 2.4.8          |              | BEAST core
   BEAST   | 2.4.0              | 2.4.8          |              | BEAST core
  ------------------------------------------------------------------------------------
   ---------------------------------------------------------------------------
  [...]
  SNAPP          | 1.3.0              | 1.3.0          |              | SNP and AFLP Phylogenies
  [...]
</tab>
<tab name="Beast &ge; 2.5.x" >
  $ module load beast/2.5.1
  $ packagemanager -list
  Name            | Installed | Latest  | Dependencies | Description
                  | Version  | Version |              |           
  -------------------------------------------------------------------
  BEAST            | 2.5.1    | 2.5.0  |              | BEAST core
   -------------------------------------------------------------------
  bacter          | NA        | 2.2.0  |              | Bacterial A[...]
  BADTRIP          | NA        | 1.0.0  |              | Infer trans[...]
  [...]
  SNAPP            | NA        | 1.4.1  |              | SNP and AFL[...]
  [...]
  TreeStat2        | NA        | 0.0.2  |              | Utility for[...]
 
  $ packagemanager -add SNAPP
  Package SNAPP is installed in ~/.beast/2.5/SNAPP.
 
  $ packagemanager -list
  Name            | Installed | Latest  | Dependencies | Description
                  | Version  | Version |              |           
  -------------------------------------------------------------------
  BEAST            | 2.5.1    | 2.5.0  |              | BEAST core
  -------------------------------------------------------------------
  bacter          | NA        | 2.2.0  |              | Bacterial A[...]
  BADTRIP          | NA        | 1.0.0  |              | Infer trans[...]
   [...]
   [...]
   SNAPP           | 1.4.1    | 1.4.|              | SNP and AFL[...]
   SNAPP   | 1.3.0              | 1.3.0          |              | SNP and AFLP Phylogenies
   [...]
   [...]
  TreeStat2        | NA        | 0.0.2  |              | Utility for[...]
</tab>
</tab>
</tabs>
</tabs>
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