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Exemples de soumission de tâches

Avec un seul GPU

Pour les simulations avec un GPU sur Narval, utilisez amber/20.12-20.15. Les modules compilés avec une version CUDA < 11.4 ne fonctionnent pas sur un GPU A100.

File : pmemd_cuda_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --cpus-per-task=1 
#SBATCH --gpus-per-node=1 
#SBATCH --mem-per-cpu=2000 
#SBATCH --time=10:0:0  
module purge
module load StdEnv/2020 gcc/9.3.0 cuda/11.4 openmpi/4.0.3 amber/20.12-20.15
pmemd.cuda -O -i input.in -p topol.parm7 -c coord.rst7 -o output.mdout -r restart.rst7