Translations:AMBER/6/fr
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Tâche MMPBSA parallèle[edit]
Dans l'exemple suivant, 32 processus MPI sont utilisés. La scalabilité de MMPBSA se fait de façon linéaire parce que chaque séquence de la trajectoire est traitée indépendamment.
File : mmpbsa_job.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --time=1:00:00
module purge
module load StdEnv/2020 gcc/9.3.0 openmpi/4.0.3 amber/20.9-20.15 scipy-stack
srun MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o mmpbsa.dat -sp solvated_complex.parm7 -cp complex.parm7 -rp receptor.parm7 -lp ligand.parm7 -y trajectory.nc
Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche (consultez Exécuter des tâches).