QIIME/fr: Difference between revisions

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 '''NOTE''' : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.
+'''Note''': As of February, 2020, due to various issues generated by Conda environments in our HPC systems, '''installation using Anaconda or Miniconda is no longer supported'''.
+<div class="mw-translate-fuzzy">
 ==Installation ==
 L’installation peut se faire dans votre répertoire <code>home</code> avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec <code>pip</code>.
+</div>
-La procédure d’installation est différente selon que vous êtes ou non dans un environnement  [https://www.anaconda.com/ conda].
+<div class="mw-translate-fuzzy">
-===Dans un environnement conda===
-Il '''n’est pas recommandé''' d’utiliser un environnement conda en raison des problèmes fréquents qu’il cause en sur un système de CHP, mais vous pouvez quand même le faire, sachant toutefois que vous vous exposez à des risques.
-QIIME 2 fournit des [https://docs.qiime2.org/ directives générales pour l’installation]. Vous trouverez ci-dessous la procédure d’installation de la version 2019.7, adaptée pour les ordinateurs de Calcul Canada. Lorsqu’une nouvelle version du fichier .yml est disponible (voir les directives générales), utilisez cette nouvelle version en modifiant cette procédure :
-<pre>
-eb Miniconda3-4.5.12.eb
-module load miniconda3
-conda update conda
-wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
-conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
-conda init bash
-conda activate qiime2-2019.7
-</pre>
-Après l’étape <code>conda init bash</code>, n’oubliez pas de terminer votre session puis de vous connecter à nouveau.
-Lancez QIIME 2 avec
-<pre>
-module load miniconda3
-conda activate qiime2-2019.7
-</pre>
-===Sans environnement conda (préférable)===
-Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez
-<pre>
-eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb
-</pre>
-Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec
-<pre>
-module load qiime2/2019.7
-</pre>
 === Avec Singularity ===
+</div>
+<div class="mw-translate-fuzzy">
 Il est aussi possible d'utiliser QIIME 2 via Singularity; voyez [https://hub.docker.com/u/qiime2 l'image docker disponible].
 Tout d'abord, [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créez une image à partir du site Docker]]  comme suit :
+</div>
 {{Commands
@@ Line 50: / Line 25: @@
 }}
+This build step may take over an hour, but you only need do this once.  Save the image file (<code>qiime2-2019.10.sif</code> in this example)
+for later re-use.
+<div class="mw-translate-fuzzy">
 Exécutez ensuite votre programme comme [[Singularity/fr|toute autre tâche Singularity]].
+</div>
+{{Commands
+|singularity exec qiime2-2019.10.sif <your QIIME command>
+}}
+So your [[Running jobs|SBATCH]] script might look something like this:
+<pre>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --time=15:00:00
+#SBATCH --account=def-someuser
+singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
+  qiime tools import \
+  --type 'FeatureData[Sequence]' \
+  --input-path /path/to/some_fastafile.fa \
+  --output-path /path/to/some_output_feature.qza
+singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
+  qiime tools import \
+  --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
+  --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
+  --input-path /path/to/some_taxonomy_file.tax \
+  --output-path /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza
+singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \
+  qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
+  --i-reference-reads  /path/to/some_output_feature.qza \
+  --i-reference-taxonomy /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza \
+  --o-classifier /path/to/some_output_classifier.qza
+</pre>
+Note that it is important to [[Singularity#Bind_mounts|bind]] the folders you want to work with to the execution of the container. For more information about Singularity, you can watch the recorded [https://www.youtube.com/watch?v=kYb0aXS5DEE Singularity webinar].
 La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à
@@ Line 62: / Line 75: @@
 |singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ...
 }}
+<div class="mw-translate-fuzzy">
+===Sans environnement conda (préférable)===
+Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez
+</div>
+{{Commands
+|eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb
+}}
+Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec
+{{Commands
+|module load qiime2/2019.7
+}}
+Because this creates all the packages required for QIIME, it generates too many files in your home directory. We recommend that you remove those files once you are done with all computations since it uses almost half of your total allocation.  The Singularity solution described above creates one big file instead of thousand of smaller files, which is why we recommend it.
 =Références =
+<div class="mw-translate-fuzzy">
 [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br>
 [https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/ Documentation EasyBuild]<br>
 [https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Documentation Conda]<br>
+</div>
 [[Category:Bioinformatics]]
 [[Category:User Installed Software]]