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| Line 4: | Line 4: | ||
'''NOTE''' : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète. | '''NOTE''' : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète. | ||
'''Note''': As of February, 2020, due to various issues generated by Conda environments in our HPC systems, '''installation using Anaconda or Miniconda is no longer supported'''. | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
==Installation == | ==Installation == | ||
L’installation peut se faire dans votre répertoire <code>home</code> avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec <code>pip</code>. | L’installation peut se faire dans votre répertoire <code>home</code> avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec <code>pip</code>. | ||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
< | |||
=== Avec Singularity === | === Avec Singularity === | ||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Il est aussi possible d'utiliser QIIME 2 via Singularity; voyez [https://hub.docker.com/u/qiime2 l'image docker disponible]. | Il est aussi possible d'utiliser QIIME 2 via Singularity; voyez [https://hub.docker.com/u/qiime2 l'image docker disponible]. | ||
Tout d'abord, [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créez une image à partir du site Docker]] comme suit : | Tout d'abord, [[Singularity/fr#Cr.C3.A9er_une_image_.C3.A0_partir_du_site_Docker|créez une image à partir du site Docker]] comme suit : | ||
</div> | |||
{{Commands | {{Commands | ||
| Line 50: | Line 25: | ||
}} | }} | ||
This build step may take over an hour, but you only need do this once. Save the image file (<code>qiime2-2019.10.sif</code> in this example) | |||
for later re-use. | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Exécutez ensuite votre programme comme [[Singularity/fr|toute autre tâche Singularity]]. | Exécutez ensuite votre programme comme [[Singularity/fr|toute autre tâche Singularity]]. | ||
</div> | |||
{{Commands | |||
|singularity exec qiime2-2019.10.sif <your QIIME command> | |||
}} | |||
So your [[Running jobs|SBATCH]] script might look something like this: | |||
<pre> | |||
#!/bin/bash | |||
#SBATCH --time=15:00:00 | |||
#SBATCH --account=def-someuser | |||
singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \ | |||
qiime tools import \ | |||
--type 'FeatureData[Sequence]' \ | |||
--input-path /path/to/some_fastafile.fa \ | |||
--output-path /path/to/some_output_feature.qza | |||
singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \ | |||
qiime tools import \ | |||
--type 'FeatureData[Taxonomy]' \ | |||
--input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \ | |||
--input-path /path/to/some_taxonomy_file.tax \ | |||
--output-path /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza | |||
singularity exec -B /home -B /project -B /scratch qiime2-2019.10.sif \ | |||
qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ | |||
--i-reference-reads /path/to/some_output_feature.qza \ | |||
--i-reference-taxonomy /path/to/some_output_ref-taxonomy.qza \ | |||
--o-classifier /path/to/some_output_classifier.qza | |||
</pre> | |||
Note that it is important to [[Singularity#Bind_mounts|bind]] the folders you want to work with to the execution of the container. For more information about Singularity, you can watch the recorded [https://www.youtube.com/watch?v=kYb0aXS5DEE Singularity webinar]. | |||
La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à | ||
| Line 62: | Line 75: | ||
|singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ... | |singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ... | ||
}} | }} | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
===Sans environnement conda (préférable)=== | |||
Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez | |||
</div> | |||
{{Commands | |||
|eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb | |||
}} | |||
Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec | |||
{{Commands | |||
|module load qiime2/2019.7 | |||
}} | |||
Because this creates all the packages required for QIIME, it generates too many files in your home directory. We recommend that you remove those files once you are done with all computations since it uses almost half of your total allocation. The Singularity solution described above creates one big file instead of thousand of smaller files, which is why we recommend it. | |||
=Références = | =Références = | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
[http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | ||
[https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/ Documentation EasyBuild]<br> | [https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/ Documentation EasyBuild]<br> | ||
[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Documentation Conda]<br> | [https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Documentation Conda]<br> | ||
</div> | |||
[[Category:Bioinformatics]] | [[Category:Bioinformatics]] | ||
[[Category:User Installed Software]] | [[Category:User Installed Software]] | ||