QIIME
QIIME (pour Quantitative Insights Into Microbial Ecology) est un pipeline bio-informatique open source pour l’analyse de microbiomes. À partir de données brutes de séquençage d’ADN générées par des plateformes comme Illumina, QIIME produit des graphiques et statistiques de haute qualité pour, entre autres, le démultiplexage, le filtrage de qualité, la sélection d’OTU, l’attribution taxonomique, la reconstruction philogénétique et l’analyse de la diversité.
NOTE : Le 1er janvier 2018, QIIME 2 a remplacé QIIME 1 qui est depuis obsolète.
Installation
L’installation peut se faire dans votre répertoire home avec conda. Il n’est présentement pas possible d’installer QIIME 2 avec pip.
La procédure d’installation est différente selon que vous êtes ou non dans un environnement conda.
Dans un environnement conda
Il n’est pas recommandé d’utiliser un environnement conda en raison des problèmes fréquents qu’il cause en sur un système de CHP, mais vous pouvez quand même le faire, sachant toutefois que vous vous exposez à des risques.
QIIME 2 fournit des directives générales pour l’installation. Vous trouverez ci-dessous la procédure d’installation de la version 2019.7, adaptée pour les ordinateurs de Calcul Canada. Lorsqu’une nouvelle version du fichier .yml est disponible (voir les directives générales), utilisez cette nouvelle version en modifiant cette procédure :
eb Miniconda3-4.5.12.eb module load miniconda3 conda update conda wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml conda init bash conda activate qiime2-2019.7
Après l’étape conda init bash, n’oubliez pas de terminer votre session puis de vous connecter à nouveau.
Lancez QIIME 2 avec
module load miniconda3 conda activate qiime2-2019.7
Sans environnement conda (préférable)
Calcul Canada fournit des paquets EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande eb. Pour installer la version 2019.7, lancez
eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb
Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec
module load qiime2/2019.7
Avec Singularity
Il est aussi possible d'utiliser QIIME 2 via Singularity; voyez l'image docker disponible. Tout d'abord, [[Singularity/fr#Créer_une_image_à_partir_du_site_ Docker_Hub|créez une image à partir du site Docker]]:
[name@server ~]$ module load singularity
[name@server ~]$ singularity build qiime2-2019.10.sif docker://qiime2/core:2019.10
Exécutez ensuite votre programme comme toute autre tâche Singularity.
La première fois que des données sont importées en format QIIME, vous pourriez recevoir un message semblable à
Timezone offset does not match system offset: 0 != -18000. Please, check your config files.
Vous pouvez contourner ceci en définissant un fuseau horaire avant d'invoquer Singularity, comme suit :
[name@server ~]$ export TZ='UTC'
[name@server ~]$ singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ...