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28 June 2024
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26 June 2024
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Created page with "=== Exemple === Comparez les résultats d'un alignement local avec BioPython et parasail."
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Created page with "==== Paquets Python disponibles ==== Les exigences des paquets Python qui dépendant de parasail seront satisfaites en chargeant {{Command |pip list {{!}} grep parasail |result= parasail 1.3.4 }}"
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Created page with "L'importation est réussie quand la commande ne retourne rien."
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Created page with "{{Note |Depuis StdEnv/2023, l'extension parasail-python fait partie du module parasail. Avec StdEnv/2020, le module doit être chargé pour que l'extension Python soit installée dans un environnement virtuel. }}"
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Created page with "4. Une fois la tâche terminée, vérifiez le résultat dans le fichier de sortie de l'ordonnanceur Slurm. {{Command |less slurm-*.out |result= parasail: 4000 biopython: 4000.0 }}"
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Created page with "Inatallez maintenant la version choisie dans votre environnement virtuel. {{File |name=submit-parasail.sh |lang="sh" |contents= #!/bin/bash #SBATCH --account=def-someuser # replace with your PI account #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --mem-per-cpu=3G # increase as needed #SBATCH --time=1:00:00"
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Created page with "1. Préparez le script Python. {{File |name=parasail-sw.py |lang="python" |contents= import parasail from Bio.Align import PairwiseAligner"
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Created page with "== Extension Python == Le module contient des liaisons pour plusieurs versions de Python. Pour connaître les versions compatibles de Python, lancez {{Command|module spider parasail/1.3.4}}"
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Created page with "== Avec le binaire <tt>parasail_aligner</tt> == Il est important de définir le nombre de fils selon le nombre de cœurs alloués à votre tâche, par exemple <syntaxhighlight lang="bash"> parasail_aligner -t ${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1} ...}} </syntaxhighlight>"
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Created page with "[https://github.com/jeffdaily/parasail parasail] est une bibliothèque SIMD C (C99) qui contient des implémentations d'algorithmes d'alignement de séquences par paires Smith-Waterman (local), Needleman-Wunsch (global) et autres alignements (semi-globaux)."
−21
Created page with "module load StdEnv/2020 gcc parasail/2.5 python/3.10"
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Created page with "python parasail-sw.py }} </tab> <tab name="StdEnv/2020"> 2.1. Identify available wheels first : {{Command |avail_wheel parasail |result= name version python arch -------- --------- -------- ------- parasail 1.2.4 py2,py3 generic }}"
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Created page with "python parasail-sw.py }} </tab> </tabs>"
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Created page with "# Install any other requirements, such as Biopython virtualenv --no-download $SLURM_TMPDIR/env source $SLURM_TMPDIR/env/bin/activate pip install --no-index --upgrade pip pip install --no-index biopython==1.83"
−56
Created page with "# biopython bio_score = PairwiseAligner().align(A, A)[0].score"
−56
Created page with "# parasail matrix = parasail.matrix_create("ACGT", 1, 0) parasail_score = parasail.sw(A, A, 1, 1, matrix).score"
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Created page with "A = "ACGT" * 1000"
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Created page with "=== Utiliser l'extension === 1. Chargez les modules requis. {{Command|module load parasail/2.6.2 python/3.11 scipy-stack/2023b}}"
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Created page with "Chargez la bibliothèque avec {{Command|module load parasail/2.6.2}}"
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Created page with "= Utilisation ="
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Created page with "Parasail"
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