BEAST

Description

BEAST est une application multiplateforme pour l’analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires, spécifiquement pour les phylogénies enracinées chronologiques inférées par des modèles d’horloge moléculaire stricte ou relaxée. On l’utilise comme méthode de reconstruction de phylogénies, mais BEAST est aussi un environnement de test pour les hypothèses sur l’évolution sans conditionnement d’une topologie arborescente. MCMC est utilisée pour faire la moyenne d’une partie d’un arbre pour que chacun des arbres reçoive un poids proportionnel à sa probabilité antérieure.

BEAST peut utiliser la bibliothèque hautement performante beagle-lib pour effectuer les calculs à la base des bibliothèques phylogénétiques bayésiennes ou utilisant l’estimation du maximum de similitude (maximum likelyhood).

Utilisation

Charger le module BEAST avec module load beast charge également les modules dépendants beagle-lib et java et configure la variable d’environnement EBROOTBEAST pour la diriger vers le répertoire qui contient les fichiers de l’application.

Extensions

BEAST est installé sans paquets d'extension. Pour les ajouter à votre répertoire /home, utilisez les commandes suivantes :

• packagemanager pour les versions à partir de 2.5.1;
• addonmanager pour les versions antérieures.

Beast ≥ 2.5.xBeast ≤ 2.4.x

 $ module load beast/2.5.1
 $ packagemanager -list
 Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
 --------------------------------------------------------------------------
 BEAST   | 2.5.1               | 2.5.0          |              | BEAST core
 --------------------------------------------------------------------------
 bacter  | NA                  | 2.2.0          |              | Bacterial ARG inference.
 BADTRIP | NA                  | 1.0.0          |              | Infer transmission time for [...]
 [...]
 SNAPP   | NA                  | 1.4.1          |              | SNP and AFLP Phylogenies
 [...]
   
 $ packagemanager -add SNAPP
 Package SNAPP is installed in ~/.beast/2.5/SNAPP.
 
 $ packagemanager -list
 Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
 --------------------------------------------------------------------------
 BEAST   | 2.5.1               | 2.5.0          |              | BEAST core
 --------------------------------------------------------------------------
 [...]
 SNAPP   | 1.4.1               | 1.4.1          |              | SNP and AFLP Phylogenies
 [...]

 $ module load beast/2.4.0
 $ addonmanager -list
 Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
 ---------------------------------------------------------------------------
 BEAST   | 2.4.0               | 2.4.8          |              | BEAST core
 ---------------------------------------------------------------------------
 bacter  | not installed       | 1.2.3          |              | Bacterial ARG inference.
 BASTA   | not installed       | 2.3.2          |              | Bayesian structured coalescent approximation
 [...]
 SNAPP   | not installed       | 1.3.0          |              | SNP and AFLP Phylogenies
 [...]
 
 $ addonmanager -add SNAPP
 Package SNAPP is installed in ~/.beast/2.4/SNAPP.
 
 $ addonmanager -list
 Name    | Installation Status | Latest Version | Dependencies | Description
 ---------------------------------------------------------------------------
 BEAST   | 2.4.0               | 2.4.8          |              | BEAST core
 ---------------------------------------------------------------------------
 [...]
 SNAPP   | 1.3.0               | 1.3.0          |              | SNP and AFLP Phylogenies
 [...]

Pour plus d’information, voyez la section Server machines dans http://www.beast2.org/managing-packages/.

Script simple

File : simple_beast_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module load beast/2.6.3

beast input_beast.xml

Script demandant plus de mémoire

File : high_memory_beast_job.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M

# Increase Maximum memory here if necessary:
# "BEAST_MEM" needs to be 250M lower than "--mem="
BEAST_MEM="-Xmx3750M"

module load beast/2.6.3

# Define variables where to find BEAST and BEAGLE-lib
BEAST_LIB="${EBROOTBEAST}/lib"
BEAST_EXTRA_LIBS="${BEAST_LIB}:${BEAGLE_LIB}"
export LD_LIBRARY_PATH="${BEAGLE_LIB}:${LD_LIBRARY_PATH}"

# Build a long java command:
CMD="java -Xms256m ${BEAST_MEM}"                                           # set memory
CMD="$CMD -Djava.library.path=${BEAST_EXTRA_LIBS}"                         # point to libraries
CMD="$CMD -cp ${BEAST_LIB}/launcher.jar beast.app.beastapp.BeastLauncher" # which program to execute

echo ".................................."
echo "The Java command is \"${CMD}\""
echo ".................................."

# Run the command:
$CMD -beagle  input_beast.xml

Références

http://www.beast2.org/ BEAST